57319

Вимірювання структурних властивостей. Створення 2D ескізу

Конспект урока

Педагогика и дидактика

Урок 5 описує вимірювання структурних властивостей з використанням різних методів вибору. Вибираючи різні частини молекули або молекулярної структури, ви можете виміряти довжини звязків та кути, а також відобразити атомні характеристики, такі як заряди та X, Y, і Z координати.

Украинкский

2014-04-12

1.32 MB

0 чел.

Урок 5 Вимірювання структурних властивостей

Навички цього уроку

  •  Вимірювання зв’язків, кутів, торсіонних кутів/ кутів повороту і незв’язаних відстаней;
  •  Відображення характеристик атома;
  •  Використання будівельних обмежень/builder constraints

Урок 5 описує вимірювання структурних властивостей з використанням різних методів вибору. Вибираючи різні частини молекули або молекулярної структури, ви можете виміряти довжини зв'язків та кути,а також відобразити атомні характеристики, такі як заряди та X, Y, і Z координати.

Створення 2D ескізу

Щоб потрапити в режим малювання:

1. При необхідності знову відкрийте HyperChem.

2. Виберіть інструмент малювання Draw.

Щоб переконатися, що за замовчуванням вибраним елементом є вуглець:

1. Двічі клацніть на кнопку малювання Draw.

Відкриється діалогове вікно таблиці елементів The Element Table.

2. Виберіть вуглець, якщо він ще не вибраний, а потім закрийте діалогове вікно.

Щоб пронумерувати атоми:

1. Виберіть пункт Labels в меню Display. Відкриється діалогове вікно.

2. В секції Atoms виберіть пункт Number і натисніть кнопку ОК. Цей крок полегшить побудову і редагування 2D структури.

3. Намалюйте 2D структуру в зазначеному нижче порядку:

Редагування ескізу

Щoб зробити ароматичне кільце:

1. Двічі клацніть по кільцю. Кільце з'явиться з пунктирними лініями.

Для редагування атомів:

1. Встановіть елементом за замовчуванням азот. Для цього натисніть лівою кнопкою миші (ЛКМ) на атом № 8.

2. Встановіть елементом за замовчуванням кисень. Для цього натисніть ЛКМ на атом № 9.

Для позначення атомів символами:

1. Виберіть пункт Labels в меню Display. Відкриється діалогове вікно.

2. В секції Atoms виберіть пункт Symbol і натисніть кнопку ОК. Ваш малюнок повинен виглядати наступним чином:


Побудова 3D структури

Щоб перетворити малюнок у 3D-структуру:

1. Переконайтеся, що в меню Build не вибраний пункт Explicit Hydrogens.

2. Двічі клацніть на кнопку вибору Select.  

Замість вибору пункту Add H & Model Build в меню Build, можна виконати побудову моделі Model Builder, двічі клацнувши на кнопку Select. Структура повинна виглядати таким чином:

Ваша структура може бути орієнтована трохи інакше, залежно від того, як були розташовані початкові атоми. Model Builder іноді переорієнтує структуру, якщо вона істотно відрізняється від вихідної.

Молекула побудована з певними структурними параметрами, що встановлені за замовчуванням. Наступні вправи покажуть вам, як виміряти ці параметри.


Характеристики атома

Щоб отримати інформацію про характеристики атома:

1. Переконайтеся, що в меню Select вибраний пункт Atoms, а пункт Multiple Selections – ні.

2. Натисніть ЛКМ на кнопку вибору Select.

3. Натисніть ЛКМ на атом кисню. Вибраний атом підсвічується а його характеристики з’являються в рядку стану.

У статусному рядку відображаються номер атома, тип атома та заряд для поточного силового поля молекулярної механіки. Там також показані х, у і z координати атома.

В меню Build стають активними елементи Set Atom Type (Встановити тип атома), Set Charge (Встановити заряд) і Constrain Geometry (Фіксована геометрія). Це дозволяє вказати нестандартні атомні властивості для побудови моделі.

4. Виберіть інші атоми і порівняйте атомні характеристики, зазначені в рядку стану.


Вимірювання довжини зв’язку

Якщо ви виберете зв'язок, а не атом, то інформація по ньому з’явиться в рядку стану. В HyperChem є бібліотека, що містить значення довжин стандартних зв’язків між атомами певного типу і гібридизації. Коли в бібліотеці немає довжини даного зв'язку, HyperChem використовує середнє значення ковалентних радіусів двох атомів для побудови моделі.

Щоб виміряти довжину зв'язку:

1. Натисніть ЛКМ на зв’язок «вуглець-кисень». Зв’язок підсвічується, а довжина зв'язку з'являється в рядок стану.

2. Натисніть ЛКМ на меню Build.

Коли ви виділили зв'язок, в меню Build став активним пункт Constrain bond length. Це дозволяє задати нестандартну довжину зв'язку для побудови моделі.


Вимірювання кутів між зв’язками

Щоб виміряти кут між зв'язками, затисніть ЛКМ і  протягніть між двома крайніми атомами, які з'єднані суміжним третім атомом.

Щоб виміряти кут між зв'язками:

1. Затисніть ЛКМ і  протягніть від атома вуглецю, зв'язаного з киснем, до атома водню, зв'язаного з киснем. Зверніть увагу на "силу тяжіння", що притягує кінець лінії до сусідніх атомів.

2. Відпустіть кнопку миші.

Кут підсвічений, а його значення з'являється в рядку стану. Стандартні кути, вибрані Model Builder для цієї структури, основані на гібридизації і є тетраедричними (109 градусів), тригональними (120 градусів) або лінійними (180 градусів).

Примітка: При виборі кута в меню Build стає активним пункт Constrain Bond Angle. Це дозволяє задати нестандартне значення кутів між зв'язками для побудови моделі.

3. Спробуйте виміряти інші кути в структурі.

Вимірювання торсіонних кутів/кутів обертання

Ви вимірюєте значення кута обертання шляхом протягування курсору між двома кінцевими атомами чотири-атомного кута обертання.

Для вимірювання кута обертання:

1. Затисніть ЛКМ і  протягніть від атома вуглецю в кільці до атома водню приєднаного до атома азоту, щоб вибрати кут обертання, що зазначено нижче:

2. Відпустіть кнопку миші.

Кут обертання підсвічується, а в рядку стану видно, що він має значення
-60 градусів (Gauche).

Примітка: При виборі кута обертання в меню Build стає активним пункт Constrain Bond Torsion. Це дозволяє задати нестандартне значення кутів обертання для побудови моделі.

3. Проведіть експеримент з трьома сусідніми атомами і порівняйте значення кутів.

Вимірювання незв’язаних відстаней

Для вимірювання відстані між незв'язаними атомами:

1. Активуйте пункт Multiple Selections в меню Select.

Перш ніж вимірювати відстань між незв'язаними атомами необхідно активувати пункт Multiple Selections. Це дозволить Вам вибрати більше одного елементу одночасно. В іншому випадку при виборі наступного елементу, попередній елемент стає неактивним.

2. Натисніть правою кнопкою миші (ПКМ) в порожній області робочого листа. Всі попередньо вибрані елементи стануть неактивними.

3. Натисніть ЛКМ послідовно на будь-які два незв'язані атоми. Значення відстані між ними з'явиться в рядку стану.

4. Проведіть вимірювання для кількох пар незв'язаних атомів і порівняйте відстані.


Водневі зв’язки

Щоб допомогти вам підтвердити сприятливі умови для утворення водневих зв'язків, HyperChem обчислює і відображає водневі зв'язки.

Водневий зв'язок утворюється, якщо відстань між донором і атомом водню менше ніж 3,2 ангстрем і кут, що утворюється ковалентними зв'язками з донором і акцептором менше за 120 градусів. Вам може знадобитися обернути
-NH
2-групу або групу -ОН (див. "Обертання бічного ланцюга"на сторінці 138) для того, щоб виконалися ці умови, перш ніж Ви зможете відобразити водневий зв'язок для цієї структури.

Щоб обернути бічний ланцюг:

1. Натисніть ПКМ в порожній області, щоб зняти виділення.

2. Встановіть рівень вибору – атоми. В меню Select виберіть пункт Atoms.

3. Двічі клацніть на зв’язок, що будете обертати: на зв’язок ОС для обертання групи –ОН і на зв’язок СN для обертання -NH2-групи. Зв’язок підсвічується.

4. Натисніть на кнопку Rotate in-plane. Після цього затиснувши ПКМ переміщайте курсор горизонтально, щоб змінити кут.

Щоб підтвердити умови для утворення водневого зв'язку:

1. Натисніть ПКМ в порожній області робочого листа.

2. Активуйте пункт Show Hydrogen Bonds в меню Display.

3. Виберіть Recompute H Bonds в меню Display. HyperChem відображає водневий зв'язок у вигляді пунктирної лінії.

Водневі зв'язки не включаються автоматично для кожної конфігурації. При зміні геометрії молекули необхідно перерахувати водневі зв'язки.

Вправи

Спробуйте виконати наступні завдання:

1. Виміряйте неправильні кути і неправильні кути обертання.

2. Встановіть точні значення побудови, використовуючи команди Constrain Geometry, Constrain Bond Length, Constrain Bond Angle і Constrain Bond Torsion в меню Build.

3. Змініть модель: побудуйте структуру за допомогою команд Set Bond Length і Set Bond Angle в меню Edit.

Додаткова інформація

Для отримання додаткової інформації дивіться розділи 3 і 5 в HyperChem for Windows Reference Manual.


 

А также другие работы, которые могут Вас заинтересовать

29790. Классификация систем передачи информации (СПИ) по среде распространения сигналов. Структурная схема многоканальной системы передачи информации 61.5 KB
  Классификация систем передачи информации СПИ по среде распространения сигналов. Структурная схема многоканальной системы передачи информации. Классификация систем передачи информации по среде распространения сигналов. Многоканальная система передачи представляет собой сложный комплекс включающий линейные и станционные устройства предназначенные для получения определенного числа каналов на заданную дальность.
29791. Линейные методы разделения каналов. Принцип формирования линейного спектра в аппаратуре с частотным разделением каналов (ЧРК). Структурная схема 8.31 MB
  Отличительными признаками канальных сигналов в этой системе передачи являются разные неперекрывающиеся полосы частот которые занимают эти сигналы. Такое различие позволяет разделить канальные сигналы в приемной части аппаратуры с помощью электрических фильтров. Первичные информационные сигналы Cit могут быть различного вида. Другие сигналы характеризуются более широким спектром.
29792. Основные характеристики телефонного канала (канала тональной частоты) 446 KB
  Основные характеристики телефонного канала канала тональной частоты.1718 Остаточное затухание канала ТЧ r разность между уровнем сигнала измерительного генератора p0 с Rr = 600 Ом в согласованной нагрузке и уровнем и уровнем сигнала на выходе канала p2 нагруженного на сопротивление Rн = 600 Ом. Частотная характеристика остаточного затухания канала ТЧ измеряется или встроенными приборами или с помощью комплектов П321 П322 и П326.2 Амплитудная характеристика канала ТЧ называется зависимость его остаточного затухания от уровня...
29793. Классификация телефонных аппаратов и их схем. Мостовая противоместная схема 229 KB
  Тактикотехнические характеристики Аппаратура Азур–1 является двухпроводной двухполосной системой передачи с ЧРК обеспечивающей получение одного канала ТЧ в диапазоне частот 43 – 117 кГц. В режиме А в линию передается нижняя полоса частот линейного спектра 43 – 74 кГц а принимается верхняя полоса частот линейного спектра 86 – 117 кГц. В режиме Б в линию передается верхняя полоса частот линейного спектра а принимается нижняя. Наименование характеристики Значение Диапазон передаваемых частот кГц 412 Уровень передачи канала на выходе...
29794. Классификация полевых телефонных аппаратов. Назначение и ТТХ телефонного аппарата ТА-57. Варианты включения ТА-57 в линию 122 KB
  Общая структурная схема оконечной аппаратуры Тракт передачи На входе тракта передачи установлен электронный ключ Кл1 обеспечивающий подключение к тракту тока частоты 21 кГц при получении соответствующего сигнала. Он при помощи тока несущей частоты 136 кГц осуществляет перенос спектра тональной частоты 03 34 кГц в спектр 1363 1394 кГц. выделяющий полосу частот 1363 1394 кГц. В зависимости от режима работы станции А или Б с помощью токов несущих частот 132 кГц или 148 кГц соответственно осуществляется формирование линейного...
29795. Цепи посылки и приема вызова в режимах МБ и ЦБ в ТА-57 по принципиальной схеме. 886.5 KB
  Цепи посылки и приема вызова в режимах МБ и ЦБ в ТА57 по принципиальной схеме. Прием вызова Прием вызова производится на звонок НА который как при работе в системе МБ так и при работе в системе ЦБ постоянно включен в линию по следующей цепи: Рис. Цепь посылки вызова на РТС ЦБ. Источник индукторного вызова провод линии клемма Л1 вывод индуктора GJ в шунтирующий контакт индуктора GJ ШК21 вывод индуктора GJ обмотка звонка НА конденсатор С11 клемма Л2 провод линии в источник индукторного вызова.
29796. Цепи передачи и приема разговора в ТА-57 по принципиальной схеме 47.5 KB
  Назначение и состав полевой кабельной линии ПКЛ296 303. В первом случае сигналы разговорных частот поступают с линии на телефон BF аппарата по следующей цепи: Источник электрического сигнала провод а линии клемма Л1 вывод индуктора GJ в шунтирующий контакт индуктора GJ ШК21 вывод индуктора GJ контакты 21 переключателя S2 конденсатор С10 контакты 89 переключателя S4 обмотка П1 трансформатора Т2 телефон BF клемма Л2 провод в линии источник электрического сигнала. Провод в линии подключается в цепь базы транзистора VT3: Клемма...
29797. Цепь дистанционного управления радиостанцией в ТА-57 по структурной схеме 230.5 KB
  При нажатии разговорного клапана S1 его контактами 34 создается цепь срабатывания реле К радиостанции: Плюс батареи GB радиостанции обмотка реле К провод а линии клемма Л1 вывод индуктора GJ а контакты 21 переключателя S2 обмотка дросселя L2 контакты 12 переключателя S3 контакты 34 переключателя S1 клемма Л2 провод в линии минус батареи GB радиостанции. В зависимости от назначения канал ТЧ может быть установлен в один из следующих режимов: двухпроводный оконечный с уровнями 0 дБ О Нп на входе и минус 70 дБ минус...
29798. Структурная схема системы передачи дискретных сообщений (СПДС) 1.14 MB
  Структурная схема системы передачи дискретных сообщений СПДС. Структурная схема системы передачи дискретных сообщений. Системой передачи дискретных сообщений СПДС называют совокупность оконечной аппаратуры передачи дискретных сообщений и каналов связи предназначенной для передачи сообщений от отправителя сообщений к получателю сообщений с заданной достоверностью надежностью и временем доставки. Рассмотрим основные особенности процесса передачи сообщений при телеграфной связи и передаче Данных а также их преобразования.