58210

Створення молекули поліпептиду

Конспект урока

Педагогика и дидактика

Використання діалогового вікна амінокислот mino cids Очистіть робочий простір шляхом перезапуску HyperChem або вибравши пункт New в меню File. Перевірте чи неактивна команда Show Secondry Structure в меню Disply. Виберіть пункт mino cids в меню Dtbses. Виберіть пункт Lbels в меню Disply.

Украинкский

2014-04-23

221.5 KB

0 чел.

Урок 6 Створення молекули поліпептиду

Навички цього уроку

  •  Зчеплення залишків разом
  •   Створення цвіттер-іонів (амфотерних іонів)
  •   Сайт-специфічний мутагенез

До цих пір в цьому практичному курсі Ви дізналися, як побудувати молекулу з нуля і як відобразити молекулу, читаючи координати з HIN-файлу. У цьому уроці Ви створюєте поліпептид шляхом послідовного вибору залишків амінокислот з бібліотеки амінокислот HyperChem. Структура, яку ви будуєте – брадикінін, гормоноподібний пептид, який пригнічує запальні реакції.

Використання діалогового вікна амінокислот/Amino Acids

Очистіть робочий простір шляхом перезапуску HyperChem або вибравши пункт New в меню File.

Перевірте, чи неактивна команда Show Secondary Structure в меню Display.

Щоб відкрити діалогове вікно Amino Acids:

1. Виберіть пункт Amino Acids в меню Databases. З'явиться вікно:

Діалогове вікно Amino Acids є постійним. Воно залишається відкритим, поки ви з’єднуєте разом залишки, щоб побудувати поліпептид.


Побудова і відображення поліпептиду

Першим кроком у створенні поліпептиду є визначення вторинної конформації. У цій вправі ви встановите параметри, щоб побудувати структуру складчастого бета-шару.

Щоб встановити конформацію:

1. Виберіть конформацію Beta Sheet.

Цей вибір автоматично встановлює кути φ і ψ до 180 градусів.

2. Встановіть кут ω до 180 градусів для транс зв'язку. Як правило, пептидний кут ω, який з'єднує залишки, має транс- форму.

Щоб побудувати поліпептид почніть з N- кінця і з’єднуйте разом залишки, поки не дійдете до С- кінця.

Для вибору залишків для поліпептиду:

1. Послідовно натисніть ЛКМ на Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg. Коли ви обираєте Pro, HyperChem видає звуковий сигнал. Це означає, що він не може використати потрібну конформацію. Proline може приймати тільки певні φ і ψ кути, які не є альфа або бета. В процесі побудови поліпептиду, HyperChem примусово надає тим кутам допустимі значення.

Щоб закрити діалогове вікно:

1. Натисніть ЛКМ на хрестик у верхньому лівому куті діалогового вікна. Поліпептид з'являється в робочій області. Структура автоматично з'являється з підписами, параметри яких були встановлені в попередньому уроці.

Щоб прибрати підписи молекули:

1. Виберіть пункт Labels в меню Display. Переконайтеся, що ви вибрали варіант None і для атомів, і для залишків, а потім натисніть кнопку ОК.


Створення цвіттер-іонів

Пептид, що Ви створили, має голий залишок на кожному кінці. В такому вигляді вони могли б існувати в середині пептидного ланцюга. N-кінець має форму HN-, а С-кінець має форму -CO. У цій вправі Ви перетворете кінці пептиду в форму цвіттер-іону шляхом модифікації залишків N- і С-кінців.

Щоб створити цвіттер-іон необхідно:

1. Зміщувати і обертати пептид, поки він не буде виглядати наступним чином:


2. Виберіть
команду Make Zwitterion в меню Databases. HyperChem додає оксиген в С-кінці. HyperChem також додає протонів в N-кінець:

Сайт-специфічний мутагенез

Сайт-специфічний мутагенез відіграє важливу роль в білковій інженерії. Підставлення конкретної амінокислоти в критичний сайт може змінити структуру і властивості білка, а отже і його функції.

Щоб замінити залишок:

Спочатку підпишіть залишки пептиду, щоб бачити, що ви змінили.

1. Виберіть пункт Labels в меню Display.

2. Виберіть пункт Name+Seq і натисніть кнопку ОК.

У попередніх вправах ви використовували пункт меню Labels для позначення атомів у молекулі. Ви також можете використовувати цей пункт для  позначення залишків.

3. Виберіть пункт Residues в меню Select.

4. Натисніть ЛКМ на кнопку Select.

5. Натисніть ПКМ в порожній області робочого простору.

6. Натисніть ЛКМ на залишок PHE 5. Залишок буде виділений.

7. Виберіть команду Mutate в меню Databases.


Примітка: команда Mutate в меню Databases є неактивно (сірого кольору), поки не буде виділений який-небудь залишок.

8. У діалоговому вікні Mutate прокрутіть список залишків і виберіть залишок Thr, потім натисніть OK.

Обраний фенілаланін замінений на треонін:

Збереження структури

Щоб зберегти структуру:

1. Виберіть Save в меню File. Відкриється вікно збереження файлу.

2. Виберіть папку, в яку Ви хочете зберегти цей файл.

3. Введіть polyp в полі Ім'я файлу, а потім натисніть кнопку ОК.

4. Виберіть New в меню File, щоб очистити робочий простір.

Вправи

Створіть нуклеїнову кислоту, використавши пункт Nucleic Acids в меню  Databases.


 

А также другие работы, которые могут Вас заинтересовать

23724. Перевод условия задачи на математический язык 55 KB
  Обозначим за x площадь третьей комнаты. Вторая на 3 м2 больше третьей значит её площадь равна x 3 м2. Первая комната в 2 раза меньше второй чтобы найти её площадь надо площадь второй комнаты разделить на 2 т. Общая площадь трёх комнат 42 м2.
23725. Перевод условия задачи на математический язык 53 KB
  Длина в м Ширина в м Площадь в м2 В классе даются разные ответы возможно кто то из учащихся совсем не сможет выполнить задание. Почему в классе разные результаты Что общего и чем отличается данная задача от тех которые мы решали на прошлом уроке Общее то что в этой задаче неизвестна ни длина ни ширина прямоугольника а только известно что длина на 3 м больше ширины а отличаются эти задачи схемой для данной задачи схемой будет таблица. Возможны варианты: Длина в м Ширина в м Площадь в м2 x 3 x xx 3 или 70...
23726. Построение моделей текстовых задач. Перевод условия задачи на математический язык 58.5 KB
  Количество детей в одном автобусе Количество автобусов Общее количество детей Большие автобусы Маленькие автобусы 3. Какую формулу нужно использовать для выполнения задания Чтобы найти сколько всего человек поехало на экскурсию надо количество людей в одном автобусе умножить на количество автобусов т. Количество детей в одном автобусе Количество автобусов Общее количество детей Большие автобусы x 6 y 1 x 6y 1 или 252 Маленькие автобусы x y xy или 252 Работу можно организовать в группах или используя подводящий диалог. ...
23727. Урок Перевод условия задачи на математический язык 46.5 KB
  Какими математическими выражениями может быть их перевод Числовое или буквенное выражение уравнение вида ax x = b уравнение вида xx a = b двумя уравнениями с двумя переменными xy = c x ay b = с В каком ещё виде может быть перевод условия задачи на математический язык Возможны разные ответы в том числе и ответ: одно уравнение с двумя неизвестными...
23728. Признаки делимости на 10, на 5, на 2 43.5 KB
  Известно что t нечетное число. Какое число может быть лишним Например 14 у него сумма цифр нечетное число а у остальных четное; 28 кратно 4 а остальные нет; 42 его сумма цифр кратна 3 а у остальных чисел нет и т. Назовите четырехзначное число кратное 2. Сформулируйте гипотезу о том по какому признаку можно определить является данное число четным или нет.
23729. Признаки делимости на 10, на 5, на 2 44.5 KB
  Что общего в числах полученного ряда Все числа кратны 5. Эти числа оканчиваются на 0. Приведите пример четного числа удовлетворяющего неравенству x 80. Какие остатки могут получаться при делении числа на 100.
23730. Свойства и признаки делимости 71.5 KB
  2 а x не делится на 10 т. 2 а x делится на 3; число оканчивается любой цифрой кроме 0; б x делится на 7; б x не делится на 5; в x не делится на 2 т. любое нечётное число; в x делится на 3; г x делится на 9. г x не делится на 9.
23731. Признаки и свойства делимости 59.5 KB
  С какой целью мы их изучали Чтобы быстрее определять делится ли число сумма произведение на заданное число. а Найдите числа 365 Чтобы найти часть от числа надо число разделить на знаменатель и умножить на числитель получится 292; б Найдите число если его равны 146. Чтобы найти результат надо число разделить на числитель и умножить на знаменатель получится 219 2. а любое число не делящееся на 10; Что бы сумма делилась на число надо чтобы каждое слагаемое делилось на число: 140 делится на 10 значит x должен делиться на...
23732. Простые и составные числа 46.5 KB
  Образовательные: познакомить учащихся с понятием простого и составного числа повторить понятие делителя и классификации закрепить алгоритм решения задач на движение. 1 Прежде всего вспомним какое число называется делителем числа а Делителем числа a называется число на которое а делится без остатка или: b делит а если существует такое число с что а = bс. Запишите делители числа 30.