58210

Створення молекули поліпептиду

Конспект урока

Педагогика и дидактика

Використання діалогового вікна амінокислот mino cids Очистіть робочий простір шляхом перезапуску HyperChem або вибравши пункт New в меню File. Перевірте чи неактивна команда Show Secondry Structure в меню Disply. Виберіть пункт mino cids в меню Dtbses. Виберіть пункт Lbels в меню Disply.

Украинкский

2014-04-23

221.5 KB

0 чел.

Урок 6 Створення молекули поліпептиду

Навички цього уроку

  •  Зчеплення залишків разом
  •   Створення цвіттер-іонів (амфотерних іонів)
  •   Сайт-специфічний мутагенез

До цих пір в цьому практичному курсі Ви дізналися, як побудувати молекулу з нуля і як відобразити молекулу, читаючи координати з HIN-файлу. У цьому уроці Ви створюєте поліпептид шляхом послідовного вибору залишків амінокислот з бібліотеки амінокислот HyperChem. Структура, яку ви будуєте – брадикінін, гормоноподібний пептид, який пригнічує запальні реакції.

Використання діалогового вікна амінокислот/Amino Acids

Очистіть робочий простір шляхом перезапуску HyperChem або вибравши пункт New в меню File.

Перевірте, чи неактивна команда Show Secondary Structure в меню Display.

Щоб відкрити діалогове вікно Amino Acids:

1. Виберіть пункт Amino Acids в меню Databases. З'явиться вікно:

Діалогове вікно Amino Acids є постійним. Воно залишається відкритим, поки ви з’єднуєте разом залишки, щоб побудувати поліпептид.


Побудова і відображення поліпептиду

Першим кроком у створенні поліпептиду є визначення вторинної конформації. У цій вправі ви встановите параметри, щоб побудувати структуру складчастого бета-шару.

Щоб встановити конформацію:

1. Виберіть конформацію Beta Sheet.

Цей вибір автоматично встановлює кути φ і ψ до 180 градусів.

2. Встановіть кут ω до 180 градусів для транс зв'язку. Як правило, пептидний кут ω, який з'єднує залишки, має транс- форму.

Щоб побудувати поліпептид почніть з N- кінця і з’єднуйте разом залишки, поки не дійдете до С- кінця.

Для вибору залишків для поліпептиду:

1. Послідовно натисніть ЛКМ на Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg. Коли ви обираєте Pro, HyperChem видає звуковий сигнал. Це означає, що він не може використати потрібну конформацію. Proline може приймати тільки певні φ і ψ кути, які не є альфа або бета. В процесі побудови поліпептиду, HyperChem примусово надає тим кутам допустимі значення.

Щоб закрити діалогове вікно:

1. Натисніть ЛКМ на хрестик у верхньому лівому куті діалогового вікна. Поліпептид з'являється в робочій області. Структура автоматично з'являється з підписами, параметри яких були встановлені в попередньому уроці.

Щоб прибрати підписи молекули:

1. Виберіть пункт Labels в меню Display. Переконайтеся, що ви вибрали варіант None і для атомів, і для залишків, а потім натисніть кнопку ОК.


Створення цвіттер-іонів

Пептид, що Ви створили, має голий залишок на кожному кінці. В такому вигляді вони могли б існувати в середині пептидного ланцюга. N-кінець має форму HN-, а С-кінець має форму -CO. У цій вправі Ви перетворете кінці пептиду в форму цвіттер-іону шляхом модифікації залишків N- і С-кінців.

Щоб створити цвіттер-іон необхідно:

1. Зміщувати і обертати пептид, поки він не буде виглядати наступним чином:


2. Виберіть
команду Make Zwitterion в меню Databases. HyperChem додає оксиген в С-кінці. HyperChem також додає протонів в N-кінець:

Сайт-специфічний мутагенез

Сайт-специфічний мутагенез відіграє важливу роль в білковій інженерії. Підставлення конкретної амінокислоти в критичний сайт може змінити структуру і властивості білка, а отже і його функції.

Щоб замінити залишок:

Спочатку підпишіть залишки пептиду, щоб бачити, що ви змінили.

1. Виберіть пункт Labels в меню Display.

2. Виберіть пункт Name+Seq і натисніть кнопку ОК.

У попередніх вправах ви використовували пункт меню Labels для позначення атомів у молекулі. Ви також можете використовувати цей пункт для  позначення залишків.

3. Виберіть пункт Residues в меню Select.

4. Натисніть ЛКМ на кнопку Select.

5. Натисніть ПКМ в порожній області робочого простору.

6. Натисніть ЛКМ на залишок PHE 5. Залишок буде виділений.

7. Виберіть команду Mutate в меню Databases.


Примітка: команда Mutate в меню Databases є неактивно (сірого кольору), поки не буде виділений який-небудь залишок.

8. У діалоговому вікні Mutate прокрутіть список залишків і виберіть залишок Thr, потім натисніть OK.

Обраний фенілаланін замінений на треонін:

Збереження структури

Щоб зберегти структуру:

1. Виберіть Save в меню File. Відкриється вікно збереження файлу.

2. Виберіть папку, в яку Ви хочете зберегти цей файл.

3. Введіть polyp в полі Ім'я файлу, а потім натисніть кнопку ОК.

4. Виберіть New в меню File, щоб очистити робочий простір.

Вправи

Створіть нуклеїнову кислоту, використавши пункт Nucleic Acids в меню  Databases.


 

А также другие работы, которые могут Вас заинтересовать

75455. Назначение и цель анализа безубыточности в ИС Project Expert 23.5 KB
  Назначение и цель анализа безубыточности в ИС Project Expert Целью анализа безубыточности является выяснение влияния объема сбыта на уровень издержек и прибыли. Анализ даёт возможность решать ряд важных задач управления и планирования работы предприятия: формирование оптимальной номенклатуры изделий обоснование производственной программы определение стратегии и тактики ценообразования вычисление точки безубыточности производства Анализ безубыточности базируется на следующих предпосылках т. При соблюдении перечисленных условий легко...
75456. Понятие и содержание метаданных системы 1С: Предприятие 99 KB
  Понятие и содержание метаданных системы 1С: Предприятие Метаданные данные о данных совокупность объектов метаданных настроенных на хранение и обработку информации о хозяйственной деятельности конкретного предприятия. Формально объекты метаданных объединяются в виде дерева метаданных которое появляется при открытии окна Конфигурация Конфигуратора системы рис. Дерево метаданных Наряду с понятием метаданные используется термин структура метаданных. Данный термин более точно отражает суть метаданных как сложной структуры...
75457. Технология «клиент-сервер» для распределенных БД 103.5 KB
  Информационную основу системы клиент-сервер составляет распределенная база данных которая хранится на одном или нескольких серверах и с запросами к которой обращаются клиенты. Беглый обзор научной и профессиональной литературы показывает что о вычислениях...
75458. Последовательность разработки инвестиционного проекта в ИС Project Expert 24 KB
  Project Expert - одна из самых известных программ для составления бизнес-планов, она практически полностью автоматизирует составление бизнес-плана инвестиционного проекта...
75459. Реконфигурация системы БУ (1С) 21.5 KB
  Реконфигурация системы БУ 1С Системы комплексной автоматизации бухгалтерского учета потенциально способны решать любые задачи по всем разделам бухгалтерского учета. Такая функциональность обеспечена возможностью реконфигурации типовой модели учета реализованной в базовой версии например в программе 1C: Бухгалтерия 7. Таким образом помимо задач бухгалтерского учета стали автоматизироваться задачи оперативного управления. Например программы 1C: Бухгалтерия и 1C: Торговля и Склад рассматриваемые в комплексе являются системой...
75460. Этапы проектирования реляционных баз данных 30.5 KB
  Анализ предметной области заключается в получении от пользователя неструктурированных описаний прикладных задач базы данных выработке четкого определения и классификации элементов рассматриваемой предметной области. На основе собранной информации строится вербальная модель предметной области. Концептуальное проектирование состоит в формализации вербальной модели предметной области путем формирования ее концептуальной модели в виде схемы сущностьсвязь либо ERсхемы...
75461. Основные показатели эффективности и период расчета в ИС Project Expert 47.5 KB
  Отчет о прибылях и убытках отражает операционную деятельность предприятия здесь и далее под операционной деятельностью понимается процесс производства и сбыта продукции или услуг за определенные периоды времени месяц квартал год. Балансовая ведомость в отличие от Отчета о прибылях и убытках отражает финансовое состояние предприятия определенный момент времени...
75462. Методы и способы защиты информации 26 KB
  Методы и способы защиты информации Методы защиты: Формальные методы: Препятствия метод физического преграждения пути к информации охранник сигнализация решетки. Управление доступом метод защиты информации путем использования программных и аппаратных средств компьютера: Идентификация пользователей пароль; Проверка полномочий пользователей; Регистрация обращений к защищенным ресурсам; Реагирование отключение системы в случаи неправильного ввода. Маскировка метод защиты информации путем ее криптографического закрытия....
75463. Работа с константами в ИС 1: Предприятие 30 KB
  Работа с константами в ИС 1: Предприятие Константы постоянные условнопостоянные величины. Константы хранят информацию которая не изменяется или изменяется достаточно редко: название организации ее почтовый адрес и так далее. Свойства констант редактируются при помощи палитры свойств Свойства Константы рис.2 которая вызывается из окна конфигурации при создании новой константы или редактировании уже существующей константы.