58210

Створення молекули поліпептиду

Конспект урока

Педагогика и дидактика

Використання діалогового вікна амінокислот mino cids Очистіть робочий простір шляхом перезапуску HyperChem або вибравши пункт New в меню File. Перевірте чи неактивна команда Show Secondry Structure в меню Disply. Виберіть пункт mino cids в меню Dtbses. Виберіть пункт Lbels в меню Disply.

Украинкский

2014-04-23

221.5 KB

0 чел.

Урок 6 Створення молекули поліпептиду

Навички цього уроку

  •  Зчеплення залишків разом
  •   Створення цвіттер-іонів (амфотерних іонів)
  •   Сайт-специфічний мутагенез

До цих пір в цьому практичному курсі Ви дізналися, як побудувати молекулу з нуля і як відобразити молекулу, читаючи координати з HIN-файлу. У цьому уроці Ви створюєте поліпептид шляхом послідовного вибору залишків амінокислот з бібліотеки амінокислот HyperChem. Структура, яку ви будуєте – брадикінін, гормоноподібний пептид, який пригнічує запальні реакції.

Використання діалогового вікна амінокислот/Amino Acids

Очистіть робочий простір шляхом перезапуску HyperChem або вибравши пункт New в меню File.

Перевірте, чи неактивна команда Show Secondary Structure в меню Display.

Щоб відкрити діалогове вікно Amino Acids:

1. Виберіть пункт Amino Acids в меню Databases. З'явиться вікно:

Діалогове вікно Amino Acids є постійним. Воно залишається відкритим, поки ви з’єднуєте разом залишки, щоб побудувати поліпептид.


Побудова і відображення поліпептиду

Першим кроком у створенні поліпептиду є визначення вторинної конформації. У цій вправі ви встановите параметри, щоб побудувати структуру складчастого бета-шару.

Щоб встановити конформацію:

1. Виберіть конформацію Beta Sheet.

Цей вибір автоматично встановлює кути φ і ψ до 180 градусів.

2. Встановіть кут ω до 180 градусів для транс зв'язку. Як правило, пептидний кут ω, який з'єднує залишки, має транс- форму.

Щоб побудувати поліпептид почніть з N- кінця і з’єднуйте разом залишки, поки не дійдете до С- кінця.

Для вибору залишків для поліпептиду:

1. Послідовно натисніть ЛКМ на Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg. Коли ви обираєте Pro, HyperChem видає звуковий сигнал. Це означає, що він не може використати потрібну конформацію. Proline може приймати тільки певні φ і ψ кути, які не є альфа або бета. В процесі побудови поліпептиду, HyperChem примусово надає тим кутам допустимі значення.

Щоб закрити діалогове вікно:

1. Натисніть ЛКМ на хрестик у верхньому лівому куті діалогового вікна. Поліпептид з'являється в робочій області. Структура автоматично з'являється з підписами, параметри яких були встановлені в попередньому уроці.

Щоб прибрати підписи молекули:

1. Виберіть пункт Labels в меню Display. Переконайтеся, що ви вибрали варіант None і для атомів, і для залишків, а потім натисніть кнопку ОК.


Створення цвіттер-іонів

Пептид, що Ви створили, має голий залишок на кожному кінці. В такому вигляді вони могли б існувати в середині пептидного ланцюга. N-кінець має форму HN-, а С-кінець має форму -CO. У цій вправі Ви перетворете кінці пептиду в форму цвіттер-іону шляхом модифікації залишків N- і С-кінців.

Щоб створити цвіттер-іон необхідно:

1. Зміщувати і обертати пептид, поки він не буде виглядати наступним чином:


2. Виберіть
команду Make Zwitterion в меню Databases. HyperChem додає оксиген в С-кінці. HyperChem також додає протонів в N-кінець:

Сайт-специфічний мутагенез

Сайт-специфічний мутагенез відіграє важливу роль в білковій інженерії. Підставлення конкретної амінокислоти в критичний сайт може змінити структуру і властивості білка, а отже і його функції.

Щоб замінити залишок:

Спочатку підпишіть залишки пептиду, щоб бачити, що ви змінили.

1. Виберіть пункт Labels в меню Display.

2. Виберіть пункт Name+Seq і натисніть кнопку ОК.

У попередніх вправах ви використовували пункт меню Labels для позначення атомів у молекулі. Ви також можете використовувати цей пункт для  позначення залишків.

3. Виберіть пункт Residues в меню Select.

4. Натисніть ЛКМ на кнопку Select.

5. Натисніть ПКМ в порожній області робочого простору.

6. Натисніть ЛКМ на залишок PHE 5. Залишок буде виділений.

7. Виберіть команду Mutate в меню Databases.


Примітка: команда Mutate в меню Databases є неактивно (сірого кольору), поки не буде виділений який-небудь залишок.

8. У діалоговому вікні Mutate прокрутіть список залишків і виберіть залишок Thr, потім натисніть OK.

Обраний фенілаланін замінений на треонін:

Збереження структури

Щоб зберегти структуру:

1. Виберіть Save в меню File. Відкриється вікно збереження файлу.

2. Виберіть папку, в яку Ви хочете зберегти цей файл.

3. Введіть polyp в полі Ім'я файлу, а потім натисніть кнопку ОК.

4. Виберіть New в меню File, щоб очистити робочий простір.

Вправи

Створіть нуклеїнову кислоту, використавши пункт Nucleic Acids в меню  Databases.


 

А также другие работы, которые могут Вас заинтересовать

69218. Статистика основных фондов 28 KB
  ОПФ это здания сооружения передаточные устройства машины и оборудование транспортные средства производственный инвентарь и принадлежности хозяйственный инвентарь рабочий и продуктивный скот многолетние сады и насаждения капитальные затраты по улучшению земель...
69219. Статистичні показники 158 KB
  Статистичний показник це кількісна характеристика соціальноекономічних явищ та процесів в умовах якісного визначення тобто це міра якісного і кількісного відображення певної властивості соціальноекономічного явища чи процесу.
69220. Статистика продукції 138.5 KB
  Промислова продукція - це прямий корисний результат промислово-виробничої діяльності підприємства (фірми), виражений у формі продуктів або виробничих послуг. Отже, звідси: продукція є результатом діяльності підприємства, тому сировина та матеріали, що ще не вступили у виробництво...
69221. Статистичне спостереження, його суть, форми та помилки 112 KB
  Форми статистичного спостереження його види та способи проведення. Програмно методологічні та організаційні питання статичного спостереження. Помилки статистичного спостереження та заходи щодо їх усунення.
69222. Вибірковий метод 437 KB
  Причини і умови застосування та організації вибіркового спостереження. Так для визначення втрат при збиранні урожаю суцільне спостереження потребує значних затрат часу та коштів а при перевірці якості продукції наприклад жирності молока схожості зерна його не можна провести...
69223. Статистичні методи вивчення взаємозв’язків 398.5 KB
  Кореляційно-регресійний аналіз зв’язку його завдання і основні етапи. Оцінка щільності та істотності кореляційного зв’язку. При функціональному зв’язку кожному можливому значенню факторної ознаки відповідає чітко визначене значення результативної ознаки тобто...
69224. Статистичне вивчення динаміки соціально-економічних явищ 507.5 KB
  Для будь-якого динамічного ряду характерні перелік хронологічних дат моментів або інтервалів часу і конкретні значення відповідних статистичних показників які називають рівнями ряду. Приймаючи будь-який інтервал за одиницю послідовність рівнів можна записати так: де число рівнів довжина динамічного ряду.
69225. Предмет, метод та завдання статистики 187.5 KB
  Статистика - самостійна суспільна наука, яка має свій предмет и метод дослідження. Виникла вона з практичної необхідності суспільного життя. Уже в давньому світі з’явилась необхідність підраховувати чисельність жителів держави; рахувати людей, пригодних до військової справи...
69226. Графічний метод зображення статистичних даних 334.5 KB
  Вимоги до статистичного графіка та його основні елементи. Слід нагадати що побудова графіка виправдана якщо він дає будьякі переваги порівняно з цифрами які зведені в ряди або таблиці. Основні елементи графіка.