58210

Створення молекули поліпептиду

Конспект урока

Педагогика и дидактика

Використання діалогового вікна амінокислот mino cids Очистіть робочий простір шляхом перезапуску HyperChem або вибравши пункт New в меню File. Перевірте чи неактивна команда Show Secondry Structure в меню Disply. Виберіть пункт mino cids в меню Dtbses. Виберіть пункт Lbels в меню Disply.

Украинкский

2014-04-23

221.5 KB

0 чел.

Урок 6 Створення молекули поліпептиду

Навички цього уроку

  •  Зчеплення залишків разом
  •   Створення цвіттер-іонів (амфотерних іонів)
  •   Сайт-специфічний мутагенез

До цих пір в цьому практичному курсі Ви дізналися, як побудувати молекулу з нуля і як відобразити молекулу, читаючи координати з HIN-файлу. У цьому уроці Ви створюєте поліпептид шляхом послідовного вибору залишків амінокислот з бібліотеки амінокислот HyperChem. Структура, яку ви будуєте – брадикінін, гормоноподібний пептид, який пригнічує запальні реакції.

Використання діалогового вікна амінокислот/Amino Acids

Очистіть робочий простір шляхом перезапуску HyperChem або вибравши пункт New в меню File.

Перевірте, чи неактивна команда Show Secondary Structure в меню Display.

Щоб відкрити діалогове вікно Amino Acids:

1. Виберіть пункт Amino Acids в меню Databases. З'явиться вікно:

Діалогове вікно Amino Acids є постійним. Воно залишається відкритим, поки ви з’єднуєте разом залишки, щоб побудувати поліпептид.


Побудова і відображення поліпептиду

Першим кроком у створенні поліпептиду є визначення вторинної конформації. У цій вправі ви встановите параметри, щоб побудувати структуру складчастого бета-шару.

Щоб встановити конформацію:

1. Виберіть конформацію Beta Sheet.

Цей вибір автоматично встановлює кути φ і ψ до 180 градусів.

2. Встановіть кут ω до 180 градусів для транс зв'язку. Як правило, пептидний кут ω, який з'єднує залишки, має транс- форму.

Щоб побудувати поліпептид почніть з N- кінця і з’єднуйте разом залишки, поки не дійдете до С- кінця.

Для вибору залишків для поліпептиду:

1. Послідовно натисніть ЛКМ на Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg. Коли ви обираєте Pro, HyperChem видає звуковий сигнал. Це означає, що він не може використати потрібну конформацію. Proline може приймати тільки певні φ і ψ кути, які не є альфа або бета. В процесі побудови поліпептиду, HyperChem примусово надає тим кутам допустимі значення.

Щоб закрити діалогове вікно:

1. Натисніть ЛКМ на хрестик у верхньому лівому куті діалогового вікна. Поліпептид з'являється в робочій області. Структура автоматично з'являється з підписами, параметри яких були встановлені в попередньому уроці.

Щоб прибрати підписи молекули:

1. Виберіть пункт Labels в меню Display. Переконайтеся, що ви вибрали варіант None і для атомів, і для залишків, а потім натисніть кнопку ОК.


Створення цвіттер-іонів

Пептид, що Ви створили, має голий залишок на кожному кінці. В такому вигляді вони могли б існувати в середині пептидного ланцюга. N-кінець має форму HN-, а С-кінець має форму -CO. У цій вправі Ви перетворете кінці пептиду в форму цвіттер-іону шляхом модифікації залишків N- і С-кінців.

Щоб створити цвіттер-іон необхідно:

1. Зміщувати і обертати пептид, поки він не буде виглядати наступним чином:


2. Виберіть
команду Make Zwitterion в меню Databases. HyperChem додає оксиген в С-кінці. HyperChem також додає протонів в N-кінець:

Сайт-специфічний мутагенез

Сайт-специфічний мутагенез відіграє важливу роль в білковій інженерії. Підставлення конкретної амінокислоти в критичний сайт може змінити структуру і властивості білка, а отже і його функції.

Щоб замінити залишок:

Спочатку підпишіть залишки пептиду, щоб бачити, що ви змінили.

1. Виберіть пункт Labels в меню Display.

2. Виберіть пункт Name+Seq і натисніть кнопку ОК.

У попередніх вправах ви використовували пункт меню Labels для позначення атомів у молекулі. Ви також можете використовувати цей пункт для  позначення залишків.

3. Виберіть пункт Residues в меню Select.

4. Натисніть ЛКМ на кнопку Select.

5. Натисніть ПКМ в порожній області робочого простору.

6. Натисніть ЛКМ на залишок PHE 5. Залишок буде виділений.

7. Виберіть команду Mutate в меню Databases.


Примітка: команда Mutate в меню Databases є неактивно (сірого кольору), поки не буде виділений який-небудь залишок.

8. У діалоговому вікні Mutate прокрутіть список залишків і виберіть залишок Thr, потім натисніть OK.

Обраний фенілаланін замінений на треонін:

Збереження структури

Щоб зберегти структуру:

1. Виберіть Save в меню File. Відкриється вікно збереження файлу.

2. Виберіть папку, в яку Ви хочете зберегти цей файл.

3. Введіть polyp в полі Ім'я файлу, а потім натисніть кнопку ОК.

4. Виберіть New в меню File, щоб очистити робочий простір.

Вправи

Створіть нуклеїнову кислоту, використавши пункт Nucleic Acids в меню  Databases.


 

А также другие работы, которые могут Вас заинтересовать

14211. Музична педагогіка 281 KB
  Тема 1. Сутність музичної педагогіки та її основні категорії Музичне виховання як важлива складова естетичного виховання відіграє особливу роль у всебічному розвитку особистості дитини. Ця роль визначається специфікою музики як виду мистецтва з одного боку та специф...
14212. Музична педагогіка — галузь педагогічної науки 75 KB
  Музична педагогіка галузь педагогічної науки загальної педагогіки яка вивчає особливості освіти навчання та виховання особистості засобами музичного мистецтва. Музичну педагогіку слід відрізняти від окремих методик музичного навчанн...
14213. Історія музичної психології 57.5 KB
  Історія музичної психології ПЛАН: Предмет структура і методи музичної психології. Їх специфіка. Історія становлення музичної психології від найдавніших часів до сучасності. Етапи становлення музичної психології як науки. Напрямки музичної психолог...
14214. Музичне мистецтво 25.5 KB
  Музичне мистецтво Помітних успіхів досягла українська музична культура у X VIII ст. Осередком музичного життя стала Київська академія де вивчали нотну грамоту та були поширені хоровий спів гра на музичних інструментах. В академії існував симфонічний оркестр. Великий вне...
14215. Діяльність видатного угорського педагога, композитора та видатного громадського діяча Золтана Кодая 3.6 MB
  Зміст Вступ Розділ І. Теоретичні основи системи музичного виховання Золтана Кодая 1.1. Музично педагогічні погляди Золтана Кодая на виховання дітей 1.2. Розвиток метро ритмічного ладового відчуття у молодших школярів за системою Золтана Кодая Розділ ІІ. П
14216. Музично - ритмічні рухи 59 KB
  Музично ритмічні рухи: різновиди та прийоми використання на уроці. Характеристика діяльності. Через обмеженість часу й як правило відсутності спеціального приміщення рухам на уроках музики приділяється незначне місце використовуються лише їх окрем...
14217. Музичний мультфільм 57 KB
  Тема. Музичний мультфільм Навчальна мета: на прикладі поспівки Кицин дім закріпити поняття про довгі і короткі звуки провести розспівування; вчити уважно слухати музику; визначати настрій характер музики; дати поняття про мультфільм; закріпити пісню
14218. Музичний жанр 30 KB
  Музичний жанр Жанр це історично сформований різновид музичних творів який визначається за різноманітними ознаками: характером тематики засобами вираження складу виконавців. Загальноприйнятим є підрозділ музики на такі основні жанри як симфонічний оперний камер
14219. Композиторы Philippe de Vitry и Adam de la Halle 471.78 KB
  РЕФЕРАТ по предмету МУЗЫКА на тему: КОМПОЗИТОРЫ Philippe de Vitry И Adam de la Halle Москва 2012 г. СОДЕРЖАНИЕ Philippe de Vitry Adam de la Halle ИСПОЛЬЗУЕМАЯ ЛИТЕРАТУРА Филипп де Витри фр. Philippe de Vitry также Филипп Витрийский 1291 1361 католический епископ епа...