58210

Створення молекули поліпептиду

Конспект урока

Педагогика и дидактика

Використання діалогового вікна амінокислот mino cids Очистіть робочий простір шляхом перезапуску HyperChem або вибравши пункт New в меню File. Перевірте чи неактивна команда Show Secondry Structure в меню Disply. Виберіть пункт mino cids в меню Dtbses. Виберіть пункт Lbels в меню Disply.

Украинкский

2014-04-23

221.5 KB

0 чел.

Урок 6 Створення молекули поліпептиду

Навички цього уроку

  •  Зчеплення залишків разом
  •   Створення цвіттер-іонів (амфотерних іонів)
  •   Сайт-специфічний мутагенез

До цих пір в цьому практичному курсі Ви дізналися, як побудувати молекулу з нуля і як відобразити молекулу, читаючи координати з HIN-файлу. У цьому уроці Ви створюєте поліпептид шляхом послідовного вибору залишків амінокислот з бібліотеки амінокислот HyperChem. Структура, яку ви будуєте – брадикінін, гормоноподібний пептид, який пригнічує запальні реакції.

Використання діалогового вікна амінокислот/Amino Acids

Очистіть робочий простір шляхом перезапуску HyperChem або вибравши пункт New в меню File.

Перевірте, чи неактивна команда Show Secondary Structure в меню Display.

Щоб відкрити діалогове вікно Amino Acids:

1. Виберіть пункт Amino Acids в меню Databases. З'явиться вікно:

Діалогове вікно Amino Acids є постійним. Воно залишається відкритим, поки ви з’єднуєте разом залишки, щоб побудувати поліпептид.


Побудова і відображення поліпептиду

Першим кроком у створенні поліпептиду є визначення вторинної конформації. У цій вправі ви встановите параметри, щоб побудувати структуру складчастого бета-шару.

Щоб встановити конформацію:

1. Виберіть конформацію Beta Sheet.

Цей вибір автоматично встановлює кути φ і ψ до 180 градусів.

2. Встановіть кут ω до 180 градусів для транс зв'язку. Як правило, пептидний кут ω, який з'єднує залишки, має транс- форму.

Щоб побудувати поліпептид почніть з N- кінця і з’єднуйте разом залишки, поки не дійдете до С- кінця.

Для вибору залишків для поліпептиду:

1. Послідовно натисніть ЛКМ на Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg. Коли ви обираєте Pro, HyperChem видає звуковий сигнал. Це означає, що він не може використати потрібну конформацію. Proline може приймати тільки певні φ і ψ кути, які не є альфа або бета. В процесі побудови поліпептиду, HyperChem примусово надає тим кутам допустимі значення.

Щоб закрити діалогове вікно:

1. Натисніть ЛКМ на хрестик у верхньому лівому куті діалогового вікна. Поліпептид з'являється в робочій області. Структура автоматично з'являється з підписами, параметри яких були встановлені в попередньому уроці.

Щоб прибрати підписи молекули:

1. Виберіть пункт Labels в меню Display. Переконайтеся, що ви вибрали варіант None і для атомів, і для залишків, а потім натисніть кнопку ОК.


Створення цвіттер-іонів

Пептид, що Ви створили, має голий залишок на кожному кінці. В такому вигляді вони могли б існувати в середині пептидного ланцюга. N-кінець має форму HN-, а С-кінець має форму -CO. У цій вправі Ви перетворете кінці пептиду в форму цвіттер-іону шляхом модифікації залишків N- і С-кінців.

Щоб створити цвіттер-іон необхідно:

1. Зміщувати і обертати пептид, поки він не буде виглядати наступним чином:


2. Виберіть
команду Make Zwitterion в меню Databases. HyperChem додає оксиген в С-кінці. HyperChem також додає протонів в N-кінець:

Сайт-специфічний мутагенез

Сайт-специфічний мутагенез відіграє важливу роль в білковій інженерії. Підставлення конкретної амінокислоти в критичний сайт може змінити структуру і властивості білка, а отже і його функції.

Щоб замінити залишок:

Спочатку підпишіть залишки пептиду, щоб бачити, що ви змінили.

1. Виберіть пункт Labels в меню Display.

2. Виберіть пункт Name+Seq і натисніть кнопку ОК.

У попередніх вправах ви використовували пункт меню Labels для позначення атомів у молекулі. Ви також можете використовувати цей пункт для  позначення залишків.

3. Виберіть пункт Residues в меню Select.

4. Натисніть ЛКМ на кнопку Select.

5. Натисніть ПКМ в порожній області робочого простору.

6. Натисніть ЛКМ на залишок PHE 5. Залишок буде виділений.

7. Виберіть команду Mutate в меню Databases.


Примітка: команда Mutate в меню Databases є неактивно (сірого кольору), поки не буде виділений який-небудь залишок.

8. У діалоговому вікні Mutate прокрутіть список залишків і виберіть залишок Thr, потім натисніть OK.

Обраний фенілаланін замінений на треонін:

Збереження структури

Щоб зберегти структуру:

1. Виберіть Save в меню File. Відкриється вікно збереження файлу.

2. Виберіть папку, в яку Ви хочете зберегти цей файл.

3. Введіть polyp в полі Ім'я файлу, а потім натисніть кнопку ОК.

4. Виберіть New в меню File, щоб очистити робочий простір.

Вправи

Створіть нуклеїнову кислоту, використавши пункт Nucleic Acids в меню  Databases.


 

А также другие работы, которые могут Вас заинтересовать

1865. АВТОМАТИЗИРОВАННАЯ СИСТЕМА СМЫСЛОВОЙ ОБРАБОТКИ ТЕКСТОВ ПРИ СОЗДАНИИ ЭЛЕКТРОННЫХ ФОНДОВ БИБЛИОТЕКИ 1.25 MB
  Автоматизированная система смысловой обработки текстов. Описание работы системы автоматизированного смыслового анализа текстов. Экспертные системы и система визуального эвристического анализа – сходства и отличия. Алгоритм отбора слов в естественно-тематический словарь. Система смысловой обработки текстов в современной библиотеке как перспективное направление развития ИРБИС.
1866. ПРОЕКТИРОВАНИЕ УЧЕБНОЙ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ СТАРШЕКЛАССНИКОВ В УСЛОВИЯХ ЛИЧНОСТНО-ОРИЕНТИРОВАННОГО ОБУЧЕНИЯ 1.25 MB
  ТЕОРЕТИЧЕСКИЕ ОСНОВЫ ПРОЕКТИРОВАНИЯ ПРОЦЕССА УЧЕНИЯ В УСЛОВИЯХ ЛИЧНОСТНО-ОРИЕНТИРОВАННОГО ОБУЧЕНИЯ. ОПЫТНО-ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ПРОВЕРКА ЭФФЕКТИВНОСТИ ДИДАКТИЧЕСКОГО ПРОЕКТИРОВАНИЯ УЧЕБНОЙ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ СТАРШЕКЛАССНИКОВ В ЛИЧНОСТНО-ОРИЕНТИРОВАННОЙ СИСТЕМЕ ОБУЧЕНИЯ. ОБОСНОВАНИЕ ЭФФЕКТИВНОСТИ ПРОЕКТИРОВАНИЯ УЧЕБНОЙ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ СТАРШЕКЛАССНИКОВ В УСЛОВИЯХ ЛИЧНОСТНО-ОРИЕНТИРОВАННОГО ОБУЧЕНИЯ И ПЕРСПЕКТИВЫ ЕГО РАЗВИТИЯ.
1867. Курс лекций по микроконтроллерам 1.79 MB
  Основные определения. Классификация МПК. Основные архитектуры процессоров ОМК. Проектирование МПУ на основе периферийных ОМК. Основные особенности периферийных ОМК. Модуль таймера/счетчика контроллера PIC16C58. Система команд контроллера PIC16С58. Встроенные таймеры счетчики контроллера К1816ВЕ51. Принципы организации систем дискретного ввода-вывода в МПС.
1868. ХУДОЖЕСТВЕННОЕ СВОЕОБРАЗИЕ ПРОЗЫ М.ОНДААТЖЕ: ЭВОЛЮЦИЯ ТВОРЧЕСТВА 1.24 MB
  Идейно-философский и литературный контекст творчества М. Ондаатже. Постколониальный дискурс и новейшая англо-канадская художественная практика. Ранняя проза М.Ондаатже: эксперимент с границами художественного письма и литературного рода. В львиной шкуре: репрезентация маргинальных групп в альтернативной истории Торонто и значение устного повествования.
1869. ЭТНОКОНФЕССИОНАЛЬНАЯ ТОЛЕРАНТНОСТЬ КАК ФАКТОР ОБЕСПЕЧЕНИЯ МИРА И БЕЗОПАСНОСТИ НА СЕВЕРНОМ КАВКАЗЕ 1.24 MB
  Теоретические основы исследования этноконфессиональной толерантности как фактора обеспечения мира и безопасности. Роль этноконфессиональной толерантности в обеспечении мира и безопасности в современных условиях. Вопросы формирования этноконфессиональной толерантности как фактора обеспечения мира и безопасности на Северном Кавказе. Совершенствование деятельности социально-политических институтов по формированию этноконфессиональной толерантности.
1870. Виды рода Astragalus L. и их роль в растительном покрове Предкавказья 1.23 MB
  История изучения видового состава рода на территории Северного Кавказа. Ключ для определения видов рода Astragalus. Распространение, фитоценотическая приуроченность и роль видов рода Astragalus L. в растительном покрове Предкавказья. Перспективы использования видов астрагала. Фитохимическая оценка предкавказских астрагалов.
1871. ПОДГОТОВКА УЧИТЕЛЯ К ПРОСВЕТИТЕЛЬСКОЙ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ В ОБЛАСТИ ОСНОВ ИНДИВИДУАЛЬНОГО ЗДОРОВЬЯ ШКОЛЬНИКОВ 1.23 MB
  Теоретические основы подготовки учителя к просветительской деятельности в области сохранения индивидуального здоровья школьников. Педагогическая система подготовки будущего учителя к просветительской деятельности в области основ индивидуального здоровья школьников (на материале деятельности учителя - биолога).
1872. ФОРМИРОВАНИЕ СИСТЕМЫ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ ПРЕДПРИЯТИЯ С КЛИЕНТАМИ НА ОСНОВЕ ПРЕЦИЗИОННОГО МАРКЕТИНГ- МЕНЕДЖМЕНТА 1.23 MB
  Маркетинг-менеджмент как основа интенсификации бизнеса. Проблемы управления маркетингом в условиях информатизации. Разработка принципов и структуры построения системы взаимосвязи предприятия с клиентами. Обеспечение сетевой поддержки системы, ориентированной на задачи управления клиентами. Оценка составляющих экономического эффекта от внедрения рекомендаций по системе взаимодействия с клиентами на основе использования современных информационных технологий.
1873. Образовательные, развивающие и воспитательные задачи внедрения ИКТ в учебный процесс на уроках ОБЖ 14.17 KB
  Школьники по-разному осваивают новый материал – с неодинаковой скоростью и различными способами. У одних лучше развито слуховое восприятие, у других – зрительное, у третьих – кинестетическое и поэтому усваивание новых знаний происходит не одинаково.