58210

Створення молекули поліпептиду

Конспект урока

Педагогика и дидактика

Використання діалогового вікна амінокислот mino cids Очистіть робочий простір шляхом перезапуску HyperChem або вибравши пункт New в меню File. Перевірте чи неактивна команда Show Secondry Structure в меню Disply. Виберіть пункт mino cids в меню Dtbses. Виберіть пункт Lbels в меню Disply.

Украинкский

2014-04-23

221.5 KB

0 чел.

Урок 6 Створення молекули поліпептиду

Навички цього уроку

  •  Зчеплення залишків разом
  •   Створення цвіттер-іонів (амфотерних іонів)
  •   Сайт-специфічний мутагенез

До цих пір в цьому практичному курсі Ви дізналися, як побудувати молекулу з нуля і як відобразити молекулу, читаючи координати з HIN-файлу. У цьому уроці Ви створюєте поліпептид шляхом послідовного вибору залишків амінокислот з бібліотеки амінокислот HyperChem. Структура, яку ви будуєте – брадикінін, гормоноподібний пептид, який пригнічує запальні реакції.

Використання діалогового вікна амінокислот/Amino Acids

Очистіть робочий простір шляхом перезапуску HyperChem або вибравши пункт New в меню File.

Перевірте, чи неактивна команда Show Secondary Structure в меню Display.

Щоб відкрити діалогове вікно Amino Acids:

1. Виберіть пункт Amino Acids в меню Databases. З'явиться вікно:

Діалогове вікно Amino Acids є постійним. Воно залишається відкритим, поки ви з’єднуєте разом залишки, щоб побудувати поліпептид.


Побудова і відображення поліпептиду

Першим кроком у створенні поліпептиду є визначення вторинної конформації. У цій вправі ви встановите параметри, щоб побудувати структуру складчастого бета-шару.

Щоб встановити конформацію:

1. Виберіть конформацію Beta Sheet.

Цей вибір автоматично встановлює кути φ і ψ до 180 градусів.

2. Встановіть кут ω до 180 градусів для транс зв'язку. Як правило, пептидний кут ω, який з'єднує залишки, має транс- форму.

Щоб побудувати поліпептид почніть з N- кінця і з’єднуйте разом залишки, поки не дійдете до С- кінця.

Для вибору залишків для поліпептиду:

1. Послідовно натисніть ЛКМ на Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg. Коли ви обираєте Pro, HyperChem видає звуковий сигнал. Це означає, що він не може використати потрібну конформацію. Proline може приймати тільки певні φ і ψ кути, які не є альфа або бета. В процесі побудови поліпептиду, HyperChem примусово надає тим кутам допустимі значення.

Щоб закрити діалогове вікно:

1. Натисніть ЛКМ на хрестик у верхньому лівому куті діалогового вікна. Поліпептид з'являється в робочій області. Структура автоматично з'являється з підписами, параметри яких були встановлені в попередньому уроці.

Щоб прибрати підписи молекули:

1. Виберіть пункт Labels в меню Display. Переконайтеся, що ви вибрали варіант None і для атомів, і для залишків, а потім натисніть кнопку ОК.


Створення цвіттер-іонів

Пептид, що Ви створили, має голий залишок на кожному кінці. В такому вигляді вони могли б існувати в середині пептидного ланцюга. N-кінець має форму HN-, а С-кінець має форму -CO. У цій вправі Ви перетворете кінці пептиду в форму цвіттер-іону шляхом модифікації залишків N- і С-кінців.

Щоб створити цвіттер-іон необхідно:

1. Зміщувати і обертати пептид, поки він не буде виглядати наступним чином:


2. Виберіть
команду Make Zwitterion в меню Databases. HyperChem додає оксиген в С-кінці. HyperChem також додає протонів в N-кінець:

Сайт-специфічний мутагенез

Сайт-специфічний мутагенез відіграє важливу роль в білковій інженерії. Підставлення конкретної амінокислоти в критичний сайт може змінити структуру і властивості білка, а отже і його функції.

Щоб замінити залишок:

Спочатку підпишіть залишки пептиду, щоб бачити, що ви змінили.

1. Виберіть пункт Labels в меню Display.

2. Виберіть пункт Name+Seq і натисніть кнопку ОК.

У попередніх вправах ви використовували пункт меню Labels для позначення атомів у молекулі. Ви також можете використовувати цей пункт для  позначення залишків.

3. Виберіть пункт Residues в меню Select.

4. Натисніть ЛКМ на кнопку Select.

5. Натисніть ПКМ в порожній області робочого простору.

6. Натисніть ЛКМ на залишок PHE 5. Залишок буде виділений.

7. Виберіть команду Mutate в меню Databases.


Примітка: команда Mutate в меню Databases є неактивно (сірого кольору), поки не буде виділений який-небудь залишок.

8. У діалоговому вікні Mutate прокрутіть список залишків і виберіть залишок Thr, потім натисніть OK.

Обраний фенілаланін замінений на треонін:

Збереження структури

Щоб зберегти структуру:

1. Виберіть Save в меню File. Відкриється вікно збереження файлу.

2. Виберіть папку, в яку Ви хочете зберегти цей файл.

3. Введіть polyp в полі Ім'я файлу, а потім натисніть кнопку ОК.

4. Виберіть New в меню File, щоб очистити робочий простір.

Вправи

Створіть нуклеїнову кислоту, використавши пункт Nucleic Acids в меню  Databases.


 

А также другие работы, которые могут Вас заинтересовать

34885. Бюджетний дефіцит.причини його виникнення і подолання в країнах з ринковою економікою 21.5 KB
  Основні причини існування бюджетного дефіциту 1. Однак автоматичного збільшення податкових надходжень не відбувається що призводить до появи бюджетного дефіциту. Основні джерела покриття бюджетного дефіциту державний кредит це фінансовоекономічні відносини де держава виступає у ролі позичальника.
34886. Державний борг. Вплив державного боргу на економіку країни 22.5 KB
  Державний борг-сума грошових средств які держава бере взайми щоб покрити дефіцит бютжету
34887. Податкова система, види податків 22 KB
  Податки у залежності від форми надходження: а прямі; б непрямі. Податки у залежності від формування рівня бюджету:а державні;б місцеві. Прямі податки що безпосередньо йдуть на формування бюджету: ■ податок на додану вартість; ■ прибутковий податок з громадян; ■ податок з прибутку підприємств; ■ плата за землю; ■ податок на нерухомість з юридичних та фізичних осіб; ■ податок з продажів. Непрямі податки це надбавки до цін і тарифів що поширюються на обмежене коло товарів та послуг: ■ акцизи; ■ мита; ■...
34888. Теорія „порівняльних витрат”-основа міжнародної торгівлі 21.5 KB
  Теорія порівняльних витратâ€основа міжнародної торгівлі Міжнародна торгівля це обмін товарами і послугами між державнонаціональними господарствами. Передумовами світової торгівлі виступають міжнародний поділ праці спеціалізація різних країн на виробництві окремих видів товарів і послуг відповідно до технікоекономічного рівня розвитку їх природногсографічних умов.У основі об'єктивної необхідності міжнародної торгівлі лежить концепція порівняльних витрат створена Д. Якщо є незаперечні природні сировинні кліматичні переваги однієї...
34890. Перешкоди на шляху розвитку міжнародної торгівлі 20 KB
  Пошліниємитний збір це з ціллю : а протекціонізниєзахист вітчизняного споживача; б фіскальні пошліни налогові.Квотавводиться обмеження на кількість ввезення продукта з ціллю підтримки вітчизняного виробника.
34891. Сутність поняття роздержавлення та приватизація 23.5 KB
  Сутність поняття роздержавлення та приватизація. Термін роздержавлення на Заході відомий давно і вживається він однозначно за змістом як передача власності з державного сектора в приватний. У нас враховуючи суцільний тобто в усіх сферах монополізм зумовлений пануванням державної власності в поняття роздержавлення вкладається дещо інший зміст. А це означає що однією з суттєвих сторін роздержавлення є перетворення самої держави.