58210

Створення молекули поліпептиду

Конспект урока

Педагогика и дидактика

Використання діалогового вікна амінокислот mino cids Очистіть робочий простір шляхом перезапуску HyperChem або вибравши пункт New в меню File. Перевірте чи неактивна команда Show Secondry Structure в меню Disply. Виберіть пункт mino cids в меню Dtbses. Виберіть пункт Lbels в меню Disply.

Украинкский

2014-04-23

221.5 KB

0 чел.

Урок 6 Створення молекули поліпептиду

Навички цього уроку

  •  Зчеплення залишків разом
  •   Створення цвіттер-іонів (амфотерних іонів)
  •   Сайт-специфічний мутагенез

До цих пір в цьому практичному курсі Ви дізналися, як побудувати молекулу з нуля і як відобразити молекулу, читаючи координати з HIN-файлу. У цьому уроці Ви створюєте поліпептид шляхом послідовного вибору залишків амінокислот з бібліотеки амінокислот HyperChem. Структура, яку ви будуєте – брадикінін, гормоноподібний пептид, який пригнічує запальні реакції.

Використання діалогового вікна амінокислот/Amino Acids

Очистіть робочий простір шляхом перезапуску HyperChem або вибравши пункт New в меню File.

Перевірте, чи неактивна команда Show Secondary Structure в меню Display.

Щоб відкрити діалогове вікно Amino Acids:

1. Виберіть пункт Amino Acids в меню Databases. З'явиться вікно:

Діалогове вікно Amino Acids є постійним. Воно залишається відкритим, поки ви з’єднуєте разом залишки, щоб побудувати поліпептид.


Побудова і відображення поліпептиду

Першим кроком у створенні поліпептиду є визначення вторинної конформації. У цій вправі ви встановите параметри, щоб побудувати структуру складчастого бета-шару.

Щоб встановити конформацію:

1. Виберіть конформацію Beta Sheet.

Цей вибір автоматично встановлює кути φ і ψ до 180 градусів.

2. Встановіть кут ω до 180 градусів для транс зв'язку. Як правило, пептидний кут ω, який з'єднує залишки, має транс- форму.

Щоб побудувати поліпептид почніть з N- кінця і з’єднуйте разом залишки, поки не дійдете до С- кінця.

Для вибору залишків для поліпептиду:

1. Послідовно натисніть ЛКМ на Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg. Коли ви обираєте Pro, HyperChem видає звуковий сигнал. Це означає, що він не може використати потрібну конформацію. Proline може приймати тільки певні φ і ψ кути, які не є альфа або бета. В процесі побудови поліпептиду, HyperChem примусово надає тим кутам допустимі значення.

Щоб закрити діалогове вікно:

1. Натисніть ЛКМ на хрестик у верхньому лівому куті діалогового вікна. Поліпептид з'являється в робочій області. Структура автоматично з'являється з підписами, параметри яких були встановлені в попередньому уроці.

Щоб прибрати підписи молекули:

1. Виберіть пункт Labels в меню Display. Переконайтеся, що ви вибрали варіант None і для атомів, і для залишків, а потім натисніть кнопку ОК.


Створення цвіттер-іонів

Пептид, що Ви створили, має голий залишок на кожному кінці. В такому вигляді вони могли б існувати в середині пептидного ланцюга. N-кінець має форму HN-, а С-кінець має форму -CO. У цій вправі Ви перетворете кінці пептиду в форму цвіттер-іону шляхом модифікації залишків N- і С-кінців.

Щоб створити цвіттер-іон необхідно:

1. Зміщувати і обертати пептид, поки він не буде виглядати наступним чином:


2. Виберіть
команду Make Zwitterion в меню Databases. HyperChem додає оксиген в С-кінці. HyperChem також додає протонів в N-кінець:

Сайт-специфічний мутагенез

Сайт-специфічний мутагенез відіграє важливу роль в білковій інженерії. Підставлення конкретної амінокислоти в критичний сайт може змінити структуру і властивості білка, а отже і його функції.

Щоб замінити залишок:

Спочатку підпишіть залишки пептиду, щоб бачити, що ви змінили.

1. Виберіть пункт Labels в меню Display.

2. Виберіть пункт Name+Seq і натисніть кнопку ОК.

У попередніх вправах ви використовували пункт меню Labels для позначення атомів у молекулі. Ви також можете використовувати цей пункт для  позначення залишків.

3. Виберіть пункт Residues в меню Select.

4. Натисніть ЛКМ на кнопку Select.

5. Натисніть ПКМ в порожній області робочого простору.

6. Натисніть ЛКМ на залишок PHE 5. Залишок буде виділений.

7. Виберіть команду Mutate в меню Databases.


Примітка: команда Mutate в меню Databases є неактивно (сірого кольору), поки не буде виділений який-небудь залишок.

8. У діалоговому вікні Mutate прокрутіть список залишків і виберіть залишок Thr, потім натисніть OK.

Обраний фенілаланін замінений на треонін:

Збереження структури

Щоб зберегти структуру:

1. Виберіть Save в меню File. Відкриється вікно збереження файлу.

2. Виберіть папку, в яку Ви хочете зберегти цей файл.

3. Введіть polyp в полі Ім'я файлу, а потім натисніть кнопку ОК.

4. Виберіть New в меню File, щоб очистити робочий простір.

Вправи

Створіть нуклеїнову кислоту, використавши пункт Nucleic Acids в меню  Databases.


 

А также другие работы, которые могут Вас заинтересовать

31673. Виникнення та розвиток психіки 23 KB
  На певному етапі розвитку природи завдяки взаємодії механічних термічних хімічних акустичних та світлових властивостей матерії з неорганічної матерії виникла органічна матерія білкова речовина. Якщо в неорганічній матерії згаданий процес має пасивний характер то у живій активний відмінною рисою якого є здатність предмета що відображує реагувати на відображуване. Першими проявами такого біологічного відображення є процеси обміну речовин асиміляція та дисиміляція що відбуваються у живій матерії та є необхідною умовою життя....
31674. Свідомість 30.5 KB
  Складна діяльність вищих тварин що підпорядкована природним предметним зв’язкам і відношенням у людини перетворюється на діяльність підпорядковану суспільним зв’язкам і відносинам. Вона є тією безпосередньою причиною завдяки якій виникає специфічна людська форма відображення дійсності – свідомість людини. У людини завдяки її участі в спільній діяльності з іншими людьми в умовах розподілу функцій між ними те на що спрямована дія саме по собі може і не мати прямого біологічного смислу. У людини ж користування штучним знаряддям...
31675. Поняття про особистість та її структуру 26.5 KB
  Належність особистості до певного суспільства до певної системи суспільних відносин визначає її психологічну Та соціальну сутність. Характерними ознаками особистості є наявність у неї свідомості виконувані нею суспільні ролі суспільно корисна спрямованість її діяльності. Однією з найяскравіших характеристик особистості є її індивідуальність під якою розуміють своєрідне неповторне поєднання таких психологічних особливостей людини як характер темперамент особливості перебігу психічних процесів сприймання пам’яті мислення мовлення...
31676. Поняття про діяльність 23 KB
  Проте активність тварин і діяльність людини суттєво відрізняються за психологічними ознаками. Людська діяльність за сутністю є соціальною. Діяльність людини характеризується свідомістю і цілеспрямованістю.
31677. Поняття про мову та її функції 30 KB
  Біологічними передумовами виникнення мови були звуки та рухи які спостерігались у пращурів людини і слугували засобом спілкування задоволення потреби в обміні думками у пізнанні властивостей предметів та явищ що оточували людину і позначалися словами. Слово як одиниця мови має два боки зовнішній звуковий фонетичний та внутрішній смисловий семантичний. Унаслідок цього виникла багатозначність слів що також є продуктом історичного розвитку кожної мови. Основні елементи мови її словниковий склад і граматична будова.
31678. Різновиди мовлення 35.5 KB
  Усне мовлення. Це основний різновид мовлення який є звуковим і який інші сприймають за допомогою слуху. Усне мовлення поділяється на діалогічне та монологічне.
31679. Поняття про спілкування 25.5 KB
  Спілкування явище глибоко соціальне. Соціальна природа спілкування виражається в тому що воно завжди відбувається в середовищі людей де суб’єкти спілкування завжди постають як носії соціального досвіду. Соціальний досвід спілкування виявляється у змісті інформації що є його предметом знання відомості способи діяльності у засобах мовна та немовна комунікація при спілкуванні у суспільно вироблених у процесі історичного розвитку різновидах спілкування.
31680. Різновиди і форми уваги 35.5 KB
  Усі різновиди уваги тісно взаємопов’язані і за певних умов переходять один в одного. Мимовільна увага властива і людині і тваринам хоча її виникнення у людини якісно відрізняється від такої уваги у тварин. Фізіологічним підґрунтям мимовільної уваги є безумовнорефлекторна орієнтувальна діяльність.
31681. Поняття про відчуття 36.5 KB
  Отже у нас різні смаки оцінки відчуття. Відчуття це суб єктивне відображення окремих властивостей предметів і явищ навколишнього світу в корі головного мозку внаслідок їх безпоснрнднього впливу на наші органи чуття.хто не довіряє відчуттям той дурень і неминуче перетвориться на споглядача відчуття не одурюють одурюють судження .