58210

Створення молекули поліпептиду

Конспект урока

Педагогика и дидактика

Використання діалогового вікна амінокислот mino cids Очистіть робочий простір шляхом перезапуску HyperChem або вибравши пункт New в меню File. Перевірте чи неактивна команда Show Secondry Structure в меню Disply. Виберіть пункт mino cids в меню Dtbses. Виберіть пункт Lbels в меню Disply.

Украинкский

2014-04-23

221.5 KB

0 чел.

Урок 6 Створення молекули поліпептиду

Навички цього уроку

  •  Зчеплення залишків разом
  •   Створення цвіттер-іонів (амфотерних іонів)
  •   Сайт-специфічний мутагенез

До цих пір в цьому практичному курсі Ви дізналися, як побудувати молекулу з нуля і як відобразити молекулу, читаючи координати з HIN-файлу. У цьому уроці Ви створюєте поліпептид шляхом послідовного вибору залишків амінокислот з бібліотеки амінокислот HyperChem. Структура, яку ви будуєте – брадикінін, гормоноподібний пептид, який пригнічує запальні реакції.

Використання діалогового вікна амінокислот/Amino Acids

Очистіть робочий простір шляхом перезапуску HyperChem або вибравши пункт New в меню File.

Перевірте, чи неактивна команда Show Secondary Structure в меню Display.

Щоб відкрити діалогове вікно Amino Acids:

1. Виберіть пункт Amino Acids в меню Databases. З'явиться вікно:

Діалогове вікно Amino Acids є постійним. Воно залишається відкритим, поки ви з’єднуєте разом залишки, щоб побудувати поліпептид.


Побудова і відображення поліпептиду

Першим кроком у створенні поліпептиду є визначення вторинної конформації. У цій вправі ви встановите параметри, щоб побудувати структуру складчастого бета-шару.

Щоб встановити конформацію:

1. Виберіть конформацію Beta Sheet.

Цей вибір автоматично встановлює кути φ і ψ до 180 градусів.

2. Встановіть кут ω до 180 градусів для транс зв'язку. Як правило, пептидний кут ω, який з'єднує залишки, має транс- форму.

Щоб побудувати поліпептид почніть з N- кінця і з’єднуйте разом залишки, поки не дійдете до С- кінця.

Для вибору залишків для поліпептиду:

1. Послідовно натисніть ЛКМ на Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg. Коли ви обираєте Pro, HyperChem видає звуковий сигнал. Це означає, що він не може використати потрібну конформацію. Proline може приймати тільки певні φ і ψ кути, які не є альфа або бета. В процесі побудови поліпептиду, HyperChem примусово надає тим кутам допустимі значення.

Щоб закрити діалогове вікно:

1. Натисніть ЛКМ на хрестик у верхньому лівому куті діалогового вікна. Поліпептид з'являється в робочій області. Структура автоматично з'являється з підписами, параметри яких були встановлені в попередньому уроці.

Щоб прибрати підписи молекули:

1. Виберіть пункт Labels в меню Display. Переконайтеся, що ви вибрали варіант None і для атомів, і для залишків, а потім натисніть кнопку ОК.


Створення цвіттер-іонів

Пептид, що Ви створили, має голий залишок на кожному кінці. В такому вигляді вони могли б існувати в середині пептидного ланцюга. N-кінець має форму HN-, а С-кінець має форму -CO. У цій вправі Ви перетворете кінці пептиду в форму цвіттер-іону шляхом модифікації залишків N- і С-кінців.

Щоб створити цвіттер-іон необхідно:

1. Зміщувати і обертати пептид, поки він не буде виглядати наступним чином:


2. Виберіть
команду Make Zwitterion в меню Databases. HyperChem додає оксиген в С-кінці. HyperChem також додає протонів в N-кінець:

Сайт-специфічний мутагенез

Сайт-специфічний мутагенез відіграє важливу роль в білковій інженерії. Підставлення конкретної амінокислоти в критичний сайт може змінити структуру і властивості білка, а отже і його функції.

Щоб замінити залишок:

Спочатку підпишіть залишки пептиду, щоб бачити, що ви змінили.

1. Виберіть пункт Labels в меню Display.

2. Виберіть пункт Name+Seq і натисніть кнопку ОК.

У попередніх вправах ви використовували пункт меню Labels для позначення атомів у молекулі. Ви також можете використовувати цей пункт для  позначення залишків.

3. Виберіть пункт Residues в меню Select.

4. Натисніть ЛКМ на кнопку Select.

5. Натисніть ПКМ в порожній області робочого простору.

6. Натисніть ЛКМ на залишок PHE 5. Залишок буде виділений.

7. Виберіть команду Mutate в меню Databases.


Примітка: команда Mutate в меню Databases є неактивно (сірого кольору), поки не буде виділений який-небудь залишок.

8. У діалоговому вікні Mutate прокрутіть список залишків і виберіть залишок Thr, потім натисніть OK.

Обраний фенілаланін замінений на треонін:

Збереження структури

Щоб зберегти структуру:

1. Виберіть Save в меню File. Відкриється вікно збереження файлу.

2. Виберіть папку, в яку Ви хочете зберегти цей файл.

3. Введіть polyp в полі Ім'я файлу, а потім натисніть кнопку ОК.

4. Виберіть New в меню File, щоб очистити робочий простір.

Вправи

Створіть нуклеїнову кислоту, використавши пункт Nucleic Acids в меню  Databases.


 

А также другие работы, которые могут Вас заинтересовать

21881. Влияние восточных элементов на режиссуру ХХ века 1.24 MB
  Рассмотреть основные принципы театра «Но», охарактеризовать функции маски в театре «Но», выявить аналогии основных принципов театра «Но» в европейской режиссуре, проанализировать функции маски в европейской режиссуре XX века.
21882. Основы организации обслуживания потребителей 87.5 KB
  1 Метод обслуживания официантами .2 Самообслуживание его сущность и формы Комплексная оценка показателей качества обслуживания 1. Процесс обслуживания потребителей это совокупность операций которые выполняются исполнителем при непосредственном контакте с потребителем услуг во время реализации кулинарной продукции и организации досуга.
21883. Меню и карта вин 153.11 KB
  Назначение и принципы составления меню 2. Последовательность расположения в меню закусок блюд и напитков 3. Виды меню 4.
21884. Организация самообслуживания на предприятиях общественного питания 46.88 KB
  1 Немеханизированные линии раздач .2 Механизированные линии отпуска обедов .1 Механизированные линии непрерывного отпуска обедов .2 Механизированные линии периодического отпуска обедов 1 Классификация линий раздач В зависимости от формы самообслуживания на предприятиях общественного питания принимается два основных типа раздач: специализированные раздачи раздачи на которых устанавливают специализированные секции для реализации отдельных видов блюд холодные блюда и закуски горячие блюда сладкие блюда и напитки.
21885. Специальные виды услуг и формы обслуживания 126.2 KB
  Обслуживание в гостиницах Предприятия общественного питания при гостиницах предназначены в основном для обслуживания проживающих в них гостей. Однако в зависимости от конкретных условий местонахождения гостиницы степени обеспечения жителями данного района предприятиями общественного питания количество мест в ресторанах буфетах при гостиницах может быть изменено при соответствующем техникоэкономическом обосновании. Предприятия общественного питания при гостиницах начинают свою работу не позднее 8 часов утра по местному времени. В...
21886. Столовая посуда, приборы и столовое белье 149.67 KB
  Майоликовая гончарная а также деревянная посуда применяется как правило для подачи национальных блюд и напитков в специализированных предприятиях питания. Для подачи хлеба тостов мучных кулинарных изделий служат: тарелки пирожковые d = 170180 мм используется при индивидуальном обслуживании для подачи хлеба тостов расстегаев пирожков; хлебницы используются при групповом обслуживании. Для подачи холодных закусок применяют: тарелки закусочные d = 200; 220240 мм их используют также в качестве подставных тарелок под...
21887. ОСНОВНЫЕ ПОЛОЖЕНИЯ ТЕОРИИ ЧС 358.5 KB
  ОБЩИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ ЧРЕЗВЫЧАЙНЫХ СИТУАЦИЙ В ФЗ О защите населения и территорий от чрезвычайных ситуаций природного и техногенного характера чрезвычайная ситуация определяется как обстановка на определенной территории сложившаяся в результате аварии опасного природного явления катастрофы стихийного или иного бедствия которые могут повлечь или повлекли за собой человеческие жертвы ущерб здоровью людей или окружающей природной среде значительные материальные потери и нарушения условий жизнедеятельности людей . По скорости...
21888. Коллективные средства защиты населения от опасных факторов в ЧС 1.75 MB
  Эти сооружения в зависимости от защитных свойств подразделяют на убежища противорадиационные укрытия ПРУ быстровозводимые укрытия БВУ и простейшие укрытия. Убежища Убежища это сооружения обеспечивающие защиту людей от поражающих факторов ЧС. Для этого убежища герметизируются и оснащаются фильтровентиляционным оборудованием. Убежища классифицируют: по месту расположения встроенные и отдельно стоящие по вместимости и защитным свойствам.
21889. Организация МЧС, история, этапы развития 107 KB
  Все это представляет объективную необходимость усиления внимания к решению проблем связанных с чрезвычайными ситуациями причем как показал опыт ликвидации последствий аварии на Чернобыльской АЭС землетрясения в Армении других чрезвычайных ситуаций на самом высоком государственном уровне. В целях прогнозирования предотвращения и ликвидации последствий ЧС обеспечения постоянной готовности органов государственного управления к быстрым и эффективным действиям в экстремальных условиях в 1990 году был создан Российский корпус спасателей...