58210

Створення молекули поліпептиду

Конспект урока

Педагогика и дидактика

Використання діалогового вікна амінокислот mino cids Очистіть робочий простір шляхом перезапуску HyperChem або вибравши пункт New в меню File. Перевірте чи неактивна команда Show Secondry Structure в меню Disply. Виберіть пункт mino cids в меню Dtbses. Виберіть пункт Lbels в меню Disply.

Украинкский

2014-04-23

221.5 KB

0 чел.

Урок 6 Створення молекули поліпептиду

Навички цього уроку

  •  Зчеплення залишків разом
  •   Створення цвіттер-іонів (амфотерних іонів)
  •   Сайт-специфічний мутагенез

До цих пір в цьому практичному курсі Ви дізналися, як побудувати молекулу з нуля і як відобразити молекулу, читаючи координати з HIN-файлу. У цьому уроці Ви створюєте поліпептид шляхом послідовного вибору залишків амінокислот з бібліотеки амінокислот HyperChem. Структура, яку ви будуєте – брадикінін, гормоноподібний пептид, який пригнічує запальні реакції.

Використання діалогового вікна амінокислот/Amino Acids

Очистіть робочий простір шляхом перезапуску HyperChem або вибравши пункт New в меню File.

Перевірте, чи неактивна команда Show Secondary Structure в меню Display.

Щоб відкрити діалогове вікно Amino Acids:

1. Виберіть пункт Amino Acids в меню Databases. З'явиться вікно:

Діалогове вікно Amino Acids є постійним. Воно залишається відкритим, поки ви з’єднуєте разом залишки, щоб побудувати поліпептид.


Побудова і відображення поліпептиду

Першим кроком у створенні поліпептиду є визначення вторинної конформації. У цій вправі ви встановите параметри, щоб побудувати структуру складчастого бета-шару.

Щоб встановити конформацію:

1. Виберіть конформацію Beta Sheet.

Цей вибір автоматично встановлює кути φ і ψ до 180 градусів.

2. Встановіть кут ω до 180 градусів для транс зв'язку. Як правило, пептидний кут ω, який з'єднує залишки, має транс- форму.

Щоб побудувати поліпептид почніть з N- кінця і з’єднуйте разом залишки, поки не дійдете до С- кінця.

Для вибору залишків для поліпептиду:

1. Послідовно натисніть ЛКМ на Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg. Коли ви обираєте Pro, HyperChem видає звуковий сигнал. Це означає, що він не може використати потрібну конформацію. Proline може приймати тільки певні φ і ψ кути, які не є альфа або бета. В процесі побудови поліпептиду, HyperChem примусово надає тим кутам допустимі значення.

Щоб закрити діалогове вікно:

1. Натисніть ЛКМ на хрестик у верхньому лівому куті діалогового вікна. Поліпептид з'являється в робочій області. Структура автоматично з'являється з підписами, параметри яких були встановлені в попередньому уроці.

Щоб прибрати підписи молекули:

1. Виберіть пункт Labels в меню Display. Переконайтеся, що ви вибрали варіант None і для атомів, і для залишків, а потім натисніть кнопку ОК.


Створення цвіттер-іонів

Пептид, що Ви створили, має голий залишок на кожному кінці. В такому вигляді вони могли б існувати в середині пептидного ланцюга. N-кінець має форму HN-, а С-кінець має форму -CO. У цій вправі Ви перетворете кінці пептиду в форму цвіттер-іону шляхом модифікації залишків N- і С-кінців.

Щоб створити цвіттер-іон необхідно:

1. Зміщувати і обертати пептид, поки він не буде виглядати наступним чином:


2. Виберіть
команду Make Zwitterion в меню Databases. HyperChem додає оксиген в С-кінці. HyperChem також додає протонів в N-кінець:

Сайт-специфічний мутагенез

Сайт-специфічний мутагенез відіграє важливу роль в білковій інженерії. Підставлення конкретної амінокислоти в критичний сайт може змінити структуру і властивості білка, а отже і його функції.

Щоб замінити залишок:

Спочатку підпишіть залишки пептиду, щоб бачити, що ви змінили.

1. Виберіть пункт Labels в меню Display.

2. Виберіть пункт Name+Seq і натисніть кнопку ОК.

У попередніх вправах ви використовували пункт меню Labels для позначення атомів у молекулі. Ви також можете використовувати цей пункт для  позначення залишків.

3. Виберіть пункт Residues в меню Select.

4. Натисніть ЛКМ на кнопку Select.

5. Натисніть ПКМ в порожній області робочого простору.

6. Натисніть ЛКМ на залишок PHE 5. Залишок буде виділений.

7. Виберіть команду Mutate в меню Databases.


Примітка: команда Mutate в меню Databases є неактивно (сірого кольору), поки не буде виділений який-небудь залишок.

8. У діалоговому вікні Mutate прокрутіть список залишків і виберіть залишок Thr, потім натисніть OK.

Обраний фенілаланін замінений на треонін:

Збереження структури

Щоб зберегти структуру:

1. Виберіть Save в меню File. Відкриється вікно збереження файлу.

2. Виберіть папку, в яку Ви хочете зберегти цей файл.

3. Введіть polyp в полі Ім'я файлу, а потім натисніть кнопку ОК.

4. Виберіть New в меню File, щоб очистити робочий простір.

Вправи

Створіть нуклеїнову кислоту, використавши пункт Nucleic Acids в меню  Databases.


 

А также другие работы, которые могут Вас заинтересовать

65568. Застосування алопластичного матеріалу політетрафторетилену та одноповерхових швів за лікування свиней з пупковими грижами 702.5 KB
  Мета дослідження клініко-експериментально обґрунтувати застосування алопластичного матеріалу ПТФЕ для пластики грижових воріт та одноповерхових швів за герніотомії у свиней. Для досягнення поставленої мети необхідно було вирішити такі завдання: вивчити динаміку ранового процесу...
65569. Екологічні основи виробництва яловичини та механізми формування м’ясної продуктивності великої рогатої худоби 2.81 MB
  Мета дослідження виявити механізми реалізації генетичного потенціалу мясної продуктивності молодняку мясних і молочних порід та їх помісей за впливу кліматичних чинників західного Лісостепу України та розробити екологічні основи переходу до органічного виробництва яловичини.
65570. УДОСКОНАЛЕННЯ ДЕМПФУЮЧИХ ЯКОСТЕЙ РЕСОРНОГО ПІДВІШУВАННЯ ВІЗКІВ ПАСАЖИРСЬКИХ ВАГОНІВ 1.43 MB
  Виконання поставлених завдань неможливе за допомогою існуючого експлуатаційного парку пасажирських вагонів який фізично і морально застарів і не спроможний забезпечити в повному обсязі пасажирські перевезення як у внутрішньому так і в міждержавному сполученні.
65571. ВІКТИМОЛОГІЧНІ ЗАСАДИ БОРОТЬБИ ЗІ ЗЛОЧИННІСТЮ У МІСЦЯХ ПОЗБАВЛЕННЯ ВОЛІ 180.5 KB
  В установах виконання покарань УВП Державної кримінальновиконавчої служби ДКВС України було зареєстровано більше 400 злочинів до 8 яких із загальної кількості були повязані з насильницькими діями щодо засуджених із боку інших осіб убивства нанесення...
65572. Розвиток сільськогосподарської дослідної справи з польового кормовиробництва в Україні (30-ті роки – кінець ХХ століття) 180 KB
  Основою продовольчої безпеки та державності України повинно стати високоефективне, збалансоване сільське господарство, яке забезпечуватиме виробництво продуктів харчування в обсягах достатніх для потреб населення країни та формування необхідного експортного потенціалу.
65573. ЯБЛУНЕВИЙ КВІТКОЇД У СХІДНОМУ ЛІСОСТЕПУ УКРАЇНИ. БІОЛОГІЯ, ЕКОЛОГІЯ І УДОСКОНАЛЕННЯ ЕЛЕМЕНТІВ ІНТЕГРОВАНОГО ЗАХИСТУ 458.5 KB
  Метою досліджень було уточнення видового складу садових довгоносиків біології та екології яблуневого квіткоїда встановлення динаміки його чисельності та шкідливості у східному Лісостепу України а також удосконалення елементів інтегрованого захисту яблуні у промислових насадженнях для отримання високого врожаю.
65574. ЗАКОНОМІРНОСТІ ТЕПЛО-МАСООБМІННИХ ПРОЦЕСІВ ТА УДОСКОНАЛЕННЯ ГАЗОГЕНЕРАТОРУ ВИРОБНИЦТВА ВОДНЮ З ВОДИ ІЗ ВИКОРИСТАННЯМ СПЛАВІВ 537 KB
  Розширення сфер застосування водню повязують з якісними змінами що відбуваються у даний час в хімічній машинобудівній металургійній промисловості та енергетиці. На даний момент сировиною для отримання водню є вуглеводні.
65575. ВПЛИВ ГЕОДИНАМІЧНИХ ЗОН ВУГЛЕНОСНОЇ ТОВЩІ НА ФОРМУВАННЯ ГЕОЛОГО-ЕКОЛОГІЧНИХ УМОВ ПРИ ЛІКВІДАЦІЇ ШАХТ 1.6 MB
  Разом з тим, при вирішенні такої актуальної проблеми вуглевидобувних регіонів України, як достовірне прогнозування негативних геолого-екологічних явищ і процесів, обумовлених ліквідацією шахт, подібні дослідження не отримали широкого поширення.
65576. ПЕДАГОГІЧНІ УМОВИ ФОРМУВАННЯ ДИДАКТИЧНОЇ КОМПЕТЕНТНОСТІ МАЙБУТНІХ ВИКЛАДАЧІВ ВИЩИХ АГРАРНИХ НАВЧАЛЬНИХ ЗАКЛАДІВ 213.5 KB
  Потреба в удосконаленні дидактичної компетентності власної педагогічної майстерності. Зовнішній чинник: потреба ВНЗ у викладачах з високим рівнем педагогічної майстерності Мета: сформувати дидактичну компетентність майбутніх викладачів аграрних ВНЗ Методологічні підходи...