58210

Створення молекули поліпептиду

Конспект урока

Педагогика и дидактика

Використання діалогового вікна амінокислот mino cids Очистіть робочий простір шляхом перезапуску HyperChem або вибравши пункт New в меню File. Перевірте чи неактивна команда Show Secondry Structure в меню Disply. Виберіть пункт mino cids в меню Dtbses. Виберіть пункт Lbels в меню Disply.

Украинкский

2014-04-23

221.5 KB

0 чел.

Урок 6 Створення молекули поліпептиду

Навички цього уроку

  •  Зчеплення залишків разом
  •   Створення цвіттер-іонів (амфотерних іонів)
  •   Сайт-специфічний мутагенез

До цих пір в цьому практичному курсі Ви дізналися, як побудувати молекулу з нуля і як відобразити молекулу, читаючи координати з HIN-файлу. У цьому уроці Ви створюєте поліпептид шляхом послідовного вибору залишків амінокислот з бібліотеки амінокислот HyperChem. Структура, яку ви будуєте – брадикінін, гормоноподібний пептид, який пригнічує запальні реакції.

Використання діалогового вікна амінокислот/Amino Acids

Очистіть робочий простір шляхом перезапуску HyperChem або вибравши пункт New в меню File.

Перевірте, чи неактивна команда Show Secondary Structure в меню Display.

Щоб відкрити діалогове вікно Amino Acids:

1. Виберіть пункт Amino Acids в меню Databases. З'явиться вікно:

Діалогове вікно Amino Acids є постійним. Воно залишається відкритим, поки ви з’єднуєте разом залишки, щоб побудувати поліпептид.


Побудова і відображення поліпептиду

Першим кроком у створенні поліпептиду є визначення вторинної конформації. У цій вправі ви встановите параметри, щоб побудувати структуру складчастого бета-шару.

Щоб встановити конформацію:

1. Виберіть конформацію Beta Sheet.

Цей вибір автоматично встановлює кути φ і ψ до 180 градусів.

2. Встановіть кут ω до 180 градусів для транс зв'язку. Як правило, пептидний кут ω, який з'єднує залишки, має транс- форму.

Щоб побудувати поліпептид почніть з N- кінця і з’єднуйте разом залишки, поки не дійдете до С- кінця.

Для вибору залишків для поліпептиду:

1. Послідовно натисніть ЛКМ на Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg. Коли ви обираєте Pro, HyperChem видає звуковий сигнал. Це означає, що він не може використати потрібну конформацію. Proline може приймати тільки певні φ і ψ кути, які не є альфа або бета. В процесі побудови поліпептиду, HyperChem примусово надає тим кутам допустимі значення.

Щоб закрити діалогове вікно:

1. Натисніть ЛКМ на хрестик у верхньому лівому куті діалогового вікна. Поліпептид з'являється в робочій області. Структура автоматично з'являється з підписами, параметри яких були встановлені в попередньому уроці.

Щоб прибрати підписи молекули:

1. Виберіть пункт Labels в меню Display. Переконайтеся, що ви вибрали варіант None і для атомів, і для залишків, а потім натисніть кнопку ОК.


Створення цвіттер-іонів

Пептид, що Ви створили, має голий залишок на кожному кінці. В такому вигляді вони могли б існувати в середині пептидного ланцюга. N-кінець має форму HN-, а С-кінець має форму -CO. У цій вправі Ви перетворете кінці пептиду в форму цвіттер-іону шляхом модифікації залишків N- і С-кінців.

Щоб створити цвіттер-іон необхідно:

1. Зміщувати і обертати пептид, поки він не буде виглядати наступним чином:


2. Виберіть
команду Make Zwitterion в меню Databases. HyperChem додає оксиген в С-кінці. HyperChem також додає протонів в N-кінець:

Сайт-специфічний мутагенез

Сайт-специфічний мутагенез відіграє важливу роль в білковій інженерії. Підставлення конкретної амінокислоти в критичний сайт може змінити структуру і властивості білка, а отже і його функції.

Щоб замінити залишок:

Спочатку підпишіть залишки пептиду, щоб бачити, що ви змінили.

1. Виберіть пункт Labels в меню Display.

2. Виберіть пункт Name+Seq і натисніть кнопку ОК.

У попередніх вправах ви використовували пункт меню Labels для позначення атомів у молекулі. Ви також можете використовувати цей пункт для  позначення залишків.

3. Виберіть пункт Residues в меню Select.

4. Натисніть ЛКМ на кнопку Select.

5. Натисніть ПКМ в порожній області робочого простору.

6. Натисніть ЛКМ на залишок PHE 5. Залишок буде виділений.

7. Виберіть команду Mutate в меню Databases.


Примітка: команда Mutate в меню Databases є неактивно (сірого кольору), поки не буде виділений який-небудь залишок.

8. У діалоговому вікні Mutate прокрутіть список залишків і виберіть залишок Thr, потім натисніть OK.

Обраний фенілаланін замінений на треонін:

Збереження структури

Щоб зберегти структуру:

1. Виберіть Save в меню File. Відкриється вікно збереження файлу.

2. Виберіть папку, в яку Ви хочете зберегти цей файл.

3. Введіть polyp в полі Ім'я файлу, а потім натисніть кнопку ОК.

4. Виберіть New в меню File, щоб очистити робочий простір.

Вправи

Створіть нуклеїнову кислоту, використавши пункт Nucleic Acids в меню  Databases.


 

А также другие работы, которые могут Вас заинтересовать

39537. Экстраполяция трендов. Модель спрос-предложение 86.28 KB
  Постановочный этап: определяются конечные цели исследования моделирования набор участвующих в модели факторов и показателей и их роли. 3 Этап параметризации и спецификации модели: собственно моделирование то есть выбор вида модели функции регрессии в том числе состава и формы входящих в нее связей между переменными. 5 Этап идентификации модели: статистическое оценивание неизвестных параметров модели по собранным данным статистический анализ модели. 6 Этап верификации модели: сопоставление фактических реальных данных и...
39538. РАЗРАБОТКА ПРОГРАММЫ РАСПРЕДЕЛЕНИЯ ДОКУМЕНТООБОРОТА В МНОГОПРОФИЛЬНОМ ОАО 1.47 MB
  Делопроизводство - это термин, используемый в конторской практике для набора правил работы с документами. Есть системы документооборота, которые настраиваются на правила делопроизводства. Есть системы, которые изначально ставят своей целью выполнение именно этих правил и содержат более общие функции в достаточной мере, чтобы их назвали системами документооборота.
39539. Разработка мероприятий по повышению финансовых результатов деятельности ООО «ПАРИТЕТ ПЛЮС» 641.96 KB
  Об абстрактности и конкретности философии государства и права. Попытки создать философию права как некую универсальную и всеобщую конструкцию исходящую из каких бы то ни было оснований антропологического материализма объективного или субъективного идеализма экзистенциализма или позитивизма на протяжении более чем двух столетий в Европе и России оказались несостоятельными. Оказалась не более чем иллюзией и сознательно разработанным мифом попытка представить право и полный свод правильных законов как способ решить все основные задачи по...
39540. Разработка методики проектирования и изготовления малошовной плетеной одежды с триаксиальной структурой, иммитирующей ткань «Шанель» 4.56 MB
  Сейчас получили распространение технические ткани с трехниточной структурой в которых все нити одного наклонного застила располагаются поверх нитей другого наклонного застила не образуя переплетения рисунок 1. Второй вид расположения нитей застилов отличается от наложения тем что нити одного из застилов попеременно располагаются под и над нитями другого застила рисунок 1. Третьим видом расположения нитей застилов является полотняное переплетение рисунок 1. а б...
39541. Гражданско-правовая характеристика и практическое применение гражданско-правовых норм касающихся недействительных сделок 337 KB
  В 1 главе рассматриваются понятие и основания недействительности сделок, рассматриваются понятия ничтожности и оспоримости сделки, а также основания недействительности части сделки. Во 2 главе дается характеристика различных пороков сделок. В 3 главе – правовые последствия признания сделок недействительными. В каждой главе приводятся примеры из судебной практики.
39542. Расчет объемного насоса 1010.5 KB
  В настоящее время значение насосов, вентиляторов и компрессоров в народном хозяйстве возрастает непрерывно вместе с ростом промышленности. Особо важна их роль на тепловых электростанциях и промышленных предприятиях
39543. Вибір варіанту розвитку мережі 110/35 кВ Красноармійського району в зв’язку з будівництвом тваринницького комплексу по відгодівлі свиней і підстанції АПК 8.71 MB
  В роботі на підставі аналізу режимів зроблений висновок про неможливість використання варіанту підключення ПС АПК до мережі 35 кВ, який запропонований ООО «Донецкэнергосетьпроект». Дане техніко-економічне обґрунтування варіанту приєднання нової підстанції до лінії 35 кВ, яка пов’язує ПС Новоекономічна 35 Воздвіженовка 35. Виконаний економічний аналіз проекту.
39544. Рекомендации по совершенствованию системы мотивации персонала ООО «ИнтерПроф» 21.4 MB
  Актуальность мотивации в современных условиях обусловлена тем что: 1 персонал является основным капиталом любого предприятия; 2 необходима реализация потенциала работников; 3 изменение условий производства появление новых технологий а также требований к качеству продукции требуют работников нового типа; 4 происходит изменение качественного содержания потребностей работников. Мотивация представляет собой процесс побуждения себя и других к деятельности для достижения личных целей и целей предприятия система действий работодателя по...
39545. Анализ ассортимента и качества игрушек (на примере OAO «Детский Мир-Центр») 223.5 KB
  Можно сказать что игрушки появились одновременно с появлением человека. Надо было както занимать детей в первобытном племени – и их мамы давали им всякие камушки деревяшки необычной формы – это и были первые игрушки. Игрушки и игры на всех этапах развития общества отражали в своеобразной форме материальную и духовную жизнь людей. Поэтому игрушки должны служить средством познания мира ребенком воспитывать патриотизм любовь к труду рождать мечту развивать мысль.