58210

Створення молекули поліпептиду

Конспект урока

Педагогика и дидактика

Використання діалогового вікна амінокислот mino cids Очистіть робочий простір шляхом перезапуску HyperChem або вибравши пункт New в меню File. Перевірте чи неактивна команда Show Secondry Structure в меню Disply. Виберіть пункт mino cids в меню Dtbses. Виберіть пункт Lbels в меню Disply.

Украинкский

2014-04-23

221.5 KB

0 чел.

Урок 6 Створення молекули поліпептиду

Навички цього уроку

  •  Зчеплення залишків разом
  •   Створення цвіттер-іонів (амфотерних іонів)
  •   Сайт-специфічний мутагенез

До цих пір в цьому практичному курсі Ви дізналися, як побудувати молекулу з нуля і як відобразити молекулу, читаючи координати з HIN-файлу. У цьому уроці Ви створюєте поліпептид шляхом послідовного вибору залишків амінокислот з бібліотеки амінокислот HyperChem. Структура, яку ви будуєте – брадикінін, гормоноподібний пептид, який пригнічує запальні реакції.

Використання діалогового вікна амінокислот/Amino Acids

Очистіть робочий простір шляхом перезапуску HyperChem або вибравши пункт New в меню File.

Перевірте, чи неактивна команда Show Secondary Structure в меню Display.

Щоб відкрити діалогове вікно Amino Acids:

1. Виберіть пункт Amino Acids в меню Databases. З'явиться вікно:

Діалогове вікно Amino Acids є постійним. Воно залишається відкритим, поки ви з’єднуєте разом залишки, щоб побудувати поліпептид.


Побудова і відображення поліпептиду

Першим кроком у створенні поліпептиду є визначення вторинної конформації. У цій вправі ви встановите параметри, щоб побудувати структуру складчастого бета-шару.

Щоб встановити конформацію:

1. Виберіть конформацію Beta Sheet.

Цей вибір автоматично встановлює кути φ і ψ до 180 градусів.

2. Встановіть кут ω до 180 градусів для транс зв'язку. Як правило, пептидний кут ω, який з'єднує залишки, має транс- форму.

Щоб побудувати поліпептид почніть з N- кінця і з’єднуйте разом залишки, поки не дійдете до С- кінця.

Для вибору залишків для поліпептиду:

1. Послідовно натисніть ЛКМ на Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg. Коли ви обираєте Pro, HyperChem видає звуковий сигнал. Це означає, що він не може використати потрібну конформацію. Proline може приймати тільки певні φ і ψ кути, які не є альфа або бета. В процесі побудови поліпептиду, HyperChem примусово надає тим кутам допустимі значення.

Щоб закрити діалогове вікно:

1. Натисніть ЛКМ на хрестик у верхньому лівому куті діалогового вікна. Поліпептид з'являється в робочій області. Структура автоматично з'являється з підписами, параметри яких були встановлені в попередньому уроці.

Щоб прибрати підписи молекули:

1. Виберіть пункт Labels в меню Display. Переконайтеся, що ви вибрали варіант None і для атомів, і для залишків, а потім натисніть кнопку ОК.


Створення цвіттер-іонів

Пептид, що Ви створили, має голий залишок на кожному кінці. В такому вигляді вони могли б існувати в середині пептидного ланцюга. N-кінець має форму HN-, а С-кінець має форму -CO. У цій вправі Ви перетворете кінці пептиду в форму цвіттер-іону шляхом модифікації залишків N- і С-кінців.

Щоб створити цвіттер-іон необхідно:

1. Зміщувати і обертати пептид, поки він не буде виглядати наступним чином:


2. Виберіть
команду Make Zwitterion в меню Databases. HyperChem додає оксиген в С-кінці. HyperChem також додає протонів в N-кінець:

Сайт-специфічний мутагенез

Сайт-специфічний мутагенез відіграє важливу роль в білковій інженерії. Підставлення конкретної амінокислоти в критичний сайт може змінити структуру і властивості білка, а отже і його функції.

Щоб замінити залишок:

Спочатку підпишіть залишки пептиду, щоб бачити, що ви змінили.

1. Виберіть пункт Labels в меню Display.

2. Виберіть пункт Name+Seq і натисніть кнопку ОК.

У попередніх вправах ви використовували пункт меню Labels для позначення атомів у молекулі. Ви також можете використовувати цей пункт для  позначення залишків.

3. Виберіть пункт Residues в меню Select.

4. Натисніть ЛКМ на кнопку Select.

5. Натисніть ПКМ в порожній області робочого простору.

6. Натисніть ЛКМ на залишок PHE 5. Залишок буде виділений.

7. Виберіть команду Mutate в меню Databases.


Примітка: команда Mutate в меню Databases є неактивно (сірого кольору), поки не буде виділений який-небудь залишок.

8. У діалоговому вікні Mutate прокрутіть список залишків і виберіть залишок Thr, потім натисніть OK.

Обраний фенілаланін замінений на треонін:

Збереження структури

Щоб зберегти структуру:

1. Виберіть Save в меню File. Відкриється вікно збереження файлу.

2. Виберіть папку, в яку Ви хочете зберегти цей файл.

3. Введіть polyp в полі Ім'я файлу, а потім натисніть кнопку ОК.

4. Виберіть New в меню File, щоб очистити робочий простір.

Вправи

Створіть нуклеїнову кислоту, використавши пункт Nucleic Acids в меню  Databases.


 

А также другие работы, которые могут Вас заинтересовать

81117. Конспект урока по обучению грамоте с использованием ИКТ. Буквы Ш, ш 946 KB
  Цели: познакомить с согласным звуком и буквами, активизировать словарный запас. Развивать речь, мышление, внимание, память, фонематический слух, познавательную активность. Воспитывать положительные черты личности.
81118. Засвоєння таблиці множення числа 8. Задачі на зведення до одиниці 29.38 KB
  Мета. Засвоїти таблицю множення числа 8, удосконалювати вміння розв’язувати задачі на зведення до одиниці, розвивати логічне мислення, увагу, виховувати інтерес до вивчення математики. Обладнання: таблиці для усної лічби, малюнки овочів.
81119. Корисні копалини в рідному краї 56.5 KB
  Діти а чи вмієти ви правильно сидіти за партою Покажіть мені як же потрібно сидіти за партою. Діти давайте перевіримо чи всі готові до нашого уроку Для уроку нам знадобляться підручник з природознавства зошит ручка олівець.
81120. Здоров’я дитини – радість родини 46 KB
  Мета. Ознайомити з поняттям здоров’я, здорові діти - радість родини. Розвивати у дітей активну життєву позицію, бажання бути здоровим: займатися фізкультурою, дотримуватися чистоти, гартувати своє тіло. Виховувати охайність.
81121. Океаны земли 41.5 KB
  Продолжить формировать представление о поверхности земли ее изображении на глобусе и карте; ознакомить с понятием океан названиями океанов; совершенствовать умения работать с картой учебником; развивать умения объяснять сравнивать анализировать понятия ситуации...
81122. «Півник і двоє мишенят» (Українська народна казка) 51 KB
  Мета: учити учнів глибоко відчувати казку, її добрих героїв, засуджувати хитрість, ледарство, боротися з ними у повсякденному житті; розвивати вміння читати за особами, переказувати; виховувати бажання допомагати іншим, рости працелюбними. Обладнання: ілюстрації до казки, мультфільм «Колосок».
81123. У царстві рослин 44.5 KB
  Мета: ознайомити учнів із розмаїттям рослин; формувати поняття дерева кущі трав’янисті рослини; вчити визначати плоди дерев; розвивати у дітей активне спостереження; виховувати любов до природи бажання охороняти і примножувати її красу.
81124. Погода в рідному краї в різні пори року. Предбачення погоди за народними прикметами 51.5 KB
  Мета: продовжувати формувати поняття Твій рідний край; сформувати поняття про погоду в рідному краї; ознайомити учнів із процесом утворення вітру; збагатити уявлення дітей про опади; наголосити на значенні прогнозу погоди для людини; розвивати пізнавальний інтерес, спостережливість...
81125. Лялька мотанка «Дзвіночок» 39 KB
  Обладнання: Шматки тканини круглої форми і різного розміру (одна менше другої), резинки для скручування, газета,шматок тканини білого кольору прямокутної форми, шматок тканини трикутної форми різного кольору. Ляльки для демонстрації: обрядові – 3 штуки, інші – 4 штуки.