58210
Створення молекули поліпептиду
Конспект урока
Педагогика и дидактика
Використання діалогового вікна амінокислот mino cids Очистіть робочий простір шляхом перезапуску HyperChem або вибравши пункт New в меню File. Перевірте чи неактивна команда Show Secondry Structure в меню Disply. Виберіть пункт mino cids в меню Dtbses. Виберіть пункт Lbels в меню Disply.
Украинкский
2014-04-23
221.5 KB
0 чел.
Урок 6 Створення молекули поліпептиду
Навички цього уроку
До цих пір в цьому практичному курсі Ви дізналися, як побудувати молекулу з нуля і як відобразити молекулу, читаючи координати з HIN-файлу. У цьому уроці Ви створюєте поліпептид шляхом послідовного вибору залишків амінокислот з бібліотеки амінокислот HyperChem. Структура, яку ви будуєте брадикінін, гормоноподібний пептид, який пригнічує запальні реакції.
Використання діалогового вікна амінокислот/Amino Acids
Очистіть робочий простір шляхом перезапуску HyperChem або вибравши пункт New в меню File.
Перевірте, чи неактивна команда Show Secondary Structure в меню Display.
Щоб відкрити діалогове вікно Amino Acids:
1. Виберіть пункт Amino Acids в меню Databases. З'явиться вікно:
Діалогове вікно Amino Acids є постійним. Воно залишається відкритим, поки ви зєднуєте разом залишки, щоб побудувати поліпептид.
Побудова і відображення поліпептиду
Першим кроком у створенні поліпептиду є визначення вторинної конформації. У цій вправі ви встановите параметри, щоб побудувати структуру складчастого бета-шару.
Щоб встановити конформацію:
1. Виберіть конформацію Beta Sheet.
Цей вибір автоматично встановлює кути φ і ψ до 180 градусів.
2. Встановіть кут ω до 180 градусів для транс зв'язку. Як правило, пептидний кут ω, який з'єднує залишки, має транс- форму.
Щоб побудувати поліпептид почніть з N- кінця і зєднуйте разом залишки, поки не дійдете до С- кінця.
Для вибору залишків для поліпептиду:
1. Послідовно натисніть ЛКМ на Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg. Коли ви обираєте Pro, HyperChem видає звуковий сигнал. Це означає, що він не може використати потрібну конформацію. Proline може приймати тільки певні φ і ψ кути, які не є альфа або бета. В процесі побудови поліпептиду, HyperChem примусово надає тим кутам допустимі значення.
Щоб закрити діалогове вікно:
1. Натисніть ЛКМ на хрестик у верхньому лівому куті діалогового вікна. Поліпептид з'являється в робочій області. Структура автоматично з'являється з підписами, параметри яких були встановлені в попередньому уроці.
Щоб прибрати підписи молекули:
1. Виберіть пункт Labels в меню Display. Переконайтеся, що ви вибрали варіант None і для атомів, і для залишків, а потім натисніть кнопку ОК.
Створення цвіттер-іонів
Пептид, що Ви створили, має голий залишок на кожному кінці. В такому вигляді вони могли б існувати в середині пептидного ланцюга. N-кінець має форму HN-, а С-кінець має форму -CO. У цій вправі Ви перетворете кінці пептиду в форму цвіттер-іону шляхом модифікації залишків N- і С-кінців.
Щоб створити цвіттер-іон необхідно:
1. Зміщувати і обертати пептид, поки він не буде виглядати наступним чином:
2. Виберіть команду Make Zwitterion в меню Databases. HyperChem додає оксиген в С-кінці. HyperChem також додає протонів в N-кінець:
Сайт-специфічний мутагенез
Сайт-специфічний мутагенез відіграє важливу роль в білковій інженерії. Підставлення конкретної амінокислоти в критичний сайт може змінити структуру і властивості білка, а отже і його функції.
Щоб замінити залишок:
Спочатку підпишіть залишки пептиду, щоб бачити, що ви змінили.
1. Виберіть пункт Labels в меню Display.
2. Виберіть пункт Name+Seq і натисніть кнопку ОК.
У попередніх вправах ви використовували пункт меню Labels для позначення атомів у молекулі. Ви також можете використовувати цей пункт для позначення залишків.
3. Виберіть пункт Residues в меню Select.
4. Натисніть ЛКМ на кнопку Select.
5. Натисніть ПКМ в порожній області робочого простору.
6. Натисніть ЛКМ на залишок PHE 5. Залишок буде виділений.
7. Виберіть команду Mutate в меню Databases.
Примітка: команда Mutate в меню Databases є неактивно (сірого кольору), поки не буде виділений який-небудь залишок.
8. У діалоговому вікні Mutate прокрутіть список залишків і виберіть залишок Thr, потім натисніть OK.
Обраний фенілаланін замінений на треонін:
Збереження структури
Щоб зберегти структуру:
1. Виберіть Save в меню File. Відкриється вікно збереження файлу.
2. Виберіть папку, в яку Ви хочете зберегти цей файл.
3. Введіть polyp в полі Ім'я файлу, а потім натисніть кнопку ОК.
4. Виберіть New в меню File, щоб очистити робочий простір.
Вправи
Створіть нуклеїнову кислоту, використавши пункт Nucleic Acids в меню Databases.
А также другие работы, которые могут Вас заинтересовать | |||
43184. | Особливості уяви дітей дошкільного віку | 340 KB | |
Центральним новоутворенням психічного розвитку дітей дошкільного віку є уява. Уява - один із важливих психічних процесів, що безпосередньо входить у будь-який творчий процес людини на різних етапах її життя та забезпечує засвоєння різних форм людської культури в онтогенезі. Уява формується разом із допитливістю дитини ще в ранньому віці, але свого інтенсивного розвитку і особливого значення набуває саме в дошкільному віці. | |||
43185. | Эффективность действия галоперидола и сероквеля на продуктивную, негативную, депрессивную симптоматику в рамках параноидной непрерывно-текущей шизофрении (согласно критериям МКБ 10) у женщин | 310.5 KB | |
От своевременной и адекватной терапии больных шизофренией в конечном счете зависит отдаленный прогноз и исход заболевания. К ним следует отнести вопросы о предпочтительности монотерапии или полипрогмазии необходимость лечения в межприступном периоде вопрос о способах введения нейролептиков и уровня их доз резистентность к нейролептической терапии. В связи с этим трудно переоценить значение любого атипичного нейролептика особенно если он действительно позволяет решить проблему побочных эффектов и резистентности к терапии. Общие принципы... | |||
43186. | Порядок учета и контроля выпуска и отгрузки готовой продукции | 251 KB | |
В настоящее время бухгалтерская служба имеет реальную возможность формировать модель хозяйственной деятельности предприятия, основываясь на базе первичных учетных документов, что вывело ее в разряд подразделений, которые, способны осуществлять прогнозирование финансового результата. Подвергнув обработке журналы хозяйственных операций, составленные в течение нескольких прошедших периодов, бухгалтерия может с определенной степенью точности предугадать величину будущей прибыли и повлиять на нее. | |||
43187. | Инфляция и её социально-экономические последствия | 341.5 KB | |
Проблема инфляции занимает человечество уже более 200 столетий. Целю курсовой работы является : раскрыть смысл процесса инфляции посредством рассмотрения понятия инфляции ее причин и видов. Задачи курсовой работы: раскрыть смысл понятия инфляция; дать классификацию инфляции; изучить экономические и социальные последствия инфляции; рассмотреть историю инфляционных процессов и выявить их влияние на экономику; выявить возможные причины инфляции и проанализировать их; изложить возможности преодоления инфляции и меры борьбы с ней;... | |||
43188. | Создание автоматизированной информационной системы (АИС) с учебно-исследовательской базой данных (БД) | 3.79 MB | |
БАЗА ДАННЫХ СУЩНОСТИ АТРИБУТЫ СВЯЗИ ПЕРВИЧНЫЙ КЛЮЧ НОРМАЛИЗАЦИЯ ЗАПРОСЫ ФОРМЫ ОТЧЕТЫ. Цель работы создание автоматизированной информационной системы АИС с учебноисследовательской базой данных БД. Достигнутые результаты: определены все наиболее значимые сущности предметной области и их атрибуты создана база данных для учета продаж путевок учета отелей и клиентов туристической фирмы. | |||
43189. | СВЕТОФОР НА ОСНОВЕ МИКРОКОНТРОЛЕРА | 375.5 KB | |
Бурный процесс автомобилизации с каждым годом охватывает все большее число стран, постоянно увеличивается автомобильный парк, количество вовлекаемых в сферу дорожного движения людей. Рост автомобильного парка и объема перевозок ведет к увеличению интенсивности движения, что в условиях городов с исторически сложившейся застройкой приводит к возникновению транспортной проблемы. Особенно остро она проявляется в узловых пунктах улично-дорожной сети. Здесь увеличиваются транспортные задержки, образуются очереди и заторы, что вызывает снижение скорости сообщения, неоправданный перерасход топлива и повышенное изнашивание узлов и агрегатов транспортных средств. | |||
43190. | Взаимосвязь между состоянием здоровья населения и загрязнением атмосферного воздуха в г.Абакане | 376.5 KB | |
К раздражителям вызывающим эти болезни относятся SO2 и SO3 азотистые пары HCl HNO3 H2SO4 H2S фосфор и его соединения. В структуре заболеваемости детей по Республике Хакасия наибольшую часть составили болезни органов дыхания 429 второе место занимают болезни органов пищеварения 77 третье болезни кожи и подкожной клетчатки 68. Инфекционные и паразитарные болезни травмы составили 73 и 63 соответственно. В структуре заболеваемости подростков на 1 месте с удельным весом 2315 3 ранг находятся... | |||
43191. | Проектирование состава тяжелого цементного бетона на плотных заполнителях | 1.7 MB | |
Корректировка состава бетонной смеси по удобоукладываемости. Расчет расхода материалов на заданный объем бетоносмесителя. Проектирование состава имеет цель установить такой расход материалов на 1 бетонной смеси при котором наиболее экономично обеспечивается получение удобоукладываемой бетонной смеси и заданной прочности бетона а в ряде случаев необходимой морозостойкости водонепроницаемости и специальных свойств бетона. Состав бетонной смеси выражают в виде соотношения по массе реже по объему между количествами... | |||
43192. | Розробка структури і технології управління об’єктом на прикладі ТОВ „Альтаір” | 1.2 MB | |
Товариство з обмеженою відповідальністю «Альтаір» було створене, не маючи в своєму розпорядженні зовсім ніякої бази, крім початкового капіталу, що склав 897 тисяч гривень. Така ситуація має свої як переваги, так і недоліки. Їх дуже гарно можна виявити, порівнявши нашу фірму з багатьма сучасними підприємствами автомобільного транспорту, які були створені зовсім недавно на базі старих нерентабельних державних АТП. | |||