58210

Створення молекули поліпептиду

Конспект урока

Педагогика и дидактика

Використання діалогового вікна амінокислот mino cids Очистіть робочий простір шляхом перезапуску HyperChem або вибравши пункт New в меню File. Перевірте чи неактивна команда Show Secondry Structure в меню Disply. Виберіть пункт mino cids в меню Dtbses. Виберіть пункт Lbels в меню Disply.

Украинкский

2014-04-23

221.5 KB

0 чел.

Урок 6 Створення молекули поліпептиду

Навички цього уроку

  •  Зчеплення залишків разом
  •   Створення цвіттер-іонів (амфотерних іонів)
  •   Сайт-специфічний мутагенез

До цих пір в цьому практичному курсі Ви дізналися, як побудувати молекулу з нуля і як відобразити молекулу, читаючи координати з HIN-файлу. У цьому уроці Ви створюєте поліпептид шляхом послідовного вибору залишків амінокислот з бібліотеки амінокислот HyperChem. Структура, яку ви будуєте – брадикінін, гормоноподібний пептид, який пригнічує запальні реакції.

Використання діалогового вікна амінокислот/Amino Acids

Очистіть робочий простір шляхом перезапуску HyperChem або вибравши пункт New в меню File.

Перевірте, чи неактивна команда Show Secondary Structure в меню Display.

Щоб відкрити діалогове вікно Amino Acids:

1. Виберіть пункт Amino Acids в меню Databases. З'явиться вікно:

Діалогове вікно Amino Acids є постійним. Воно залишається відкритим, поки ви з’єднуєте разом залишки, щоб побудувати поліпептид.


Побудова і відображення поліпептиду

Першим кроком у створенні поліпептиду є визначення вторинної конформації. У цій вправі ви встановите параметри, щоб побудувати структуру складчастого бета-шару.

Щоб встановити конформацію:

1. Виберіть конформацію Beta Sheet.

Цей вибір автоматично встановлює кути φ і ψ до 180 градусів.

2. Встановіть кут ω до 180 градусів для транс зв'язку. Як правило, пептидний кут ω, який з'єднує залишки, має транс- форму.

Щоб побудувати поліпептид почніть з N- кінця і з’єднуйте разом залишки, поки не дійдете до С- кінця.

Для вибору залишків для поліпептиду:

1. Послідовно натисніть ЛКМ на Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg. Коли ви обираєте Pro, HyperChem видає звуковий сигнал. Це означає, що він не може використати потрібну конформацію. Proline може приймати тільки певні φ і ψ кути, які не є альфа або бета. В процесі побудови поліпептиду, HyperChem примусово надає тим кутам допустимі значення.

Щоб закрити діалогове вікно:

1. Натисніть ЛКМ на хрестик у верхньому лівому куті діалогового вікна. Поліпептид з'являється в робочій області. Структура автоматично з'являється з підписами, параметри яких були встановлені в попередньому уроці.

Щоб прибрати підписи молекули:

1. Виберіть пункт Labels в меню Display. Переконайтеся, що ви вибрали варіант None і для атомів, і для залишків, а потім натисніть кнопку ОК.


Створення цвіттер-іонів

Пептид, що Ви створили, має голий залишок на кожному кінці. В такому вигляді вони могли б існувати в середині пептидного ланцюга. N-кінець має форму HN-, а С-кінець має форму -CO. У цій вправі Ви перетворете кінці пептиду в форму цвіттер-іону шляхом модифікації залишків N- і С-кінців.

Щоб створити цвіттер-іон необхідно:

1. Зміщувати і обертати пептид, поки він не буде виглядати наступним чином:


2. Виберіть
команду Make Zwitterion в меню Databases. HyperChem додає оксиген в С-кінці. HyperChem також додає протонів в N-кінець:

Сайт-специфічний мутагенез

Сайт-специфічний мутагенез відіграє важливу роль в білковій інженерії. Підставлення конкретної амінокислоти в критичний сайт може змінити структуру і властивості білка, а отже і його функції.

Щоб замінити залишок:

Спочатку підпишіть залишки пептиду, щоб бачити, що ви змінили.

1. Виберіть пункт Labels в меню Display.

2. Виберіть пункт Name+Seq і натисніть кнопку ОК.

У попередніх вправах ви використовували пункт меню Labels для позначення атомів у молекулі. Ви також можете використовувати цей пункт для  позначення залишків.

3. Виберіть пункт Residues в меню Select.

4. Натисніть ЛКМ на кнопку Select.

5. Натисніть ПКМ в порожній області робочого простору.

6. Натисніть ЛКМ на залишок PHE 5. Залишок буде виділений.

7. Виберіть команду Mutate в меню Databases.


Примітка: команда Mutate в меню Databases є неактивно (сірого кольору), поки не буде виділений який-небудь залишок.

8. У діалоговому вікні Mutate прокрутіть список залишків і виберіть залишок Thr, потім натисніть OK.

Обраний фенілаланін замінений на треонін:

Збереження структури

Щоб зберегти структуру:

1. Виберіть Save в меню File. Відкриється вікно збереження файлу.

2. Виберіть папку, в яку Ви хочете зберегти цей файл.

3. Введіть polyp в полі Ім'я файлу, а потім натисніть кнопку ОК.

4. Виберіть New в меню File, щоб очистити робочий простір.

Вправи

Створіть нуклеїнову кислоту, використавши пункт Nucleic Acids в меню  Databases.


 

А также другие работы, которые могут Вас заинтересовать

32319. Внутренние функции государства. Их виды и характеристика в различных типах государства 43.5 KB
  Внутренние функции государства. Внутренние функции государства представляют собой основные направления разнообразной внутренней деятельности государства обусловленные необходимостью решения стоящих перед ним внутренних задач. Таковой была например позиция ряда авторов классифицировавших функции государства еще в 70е годы на функции политической охраны строя политическая функция а также на экономическую социальную и идеологическую функции. Правда при этом оговаривалась возможность и более дробной полностью не совпадающей с различными...
32320. Цивилизационный подход к типологии государств. Понятие цивилизаций. Виды цивилизаций и соответствующих типов государств при различных разновидностях цивилизационного подхода (Тойнби, Ростоу, Сорокин) 45 KB
  Цивилизационный подход это исследование состояния и развития общества закономерностей смены исторических типов государств с точки зрения качественных изменений в социокультурной среде общества в духовной культуре народа его религии и нравах. Цивилизационный подход выделяет три принципа соотношения государства и духовнокультурной жизни общества: Природа государства определяется не только реальным соотношением сил но и накопленными в ходе исторического процесса представлениями о мире ценностями образцами поведения. Цивилизация есть...
32321. Внешние функции государства. Их виды и характеристика в различных типах государства 45 KB
  Внешние функции государства. Их виды и характеристика в различных типах государства. Внешние функции государства представляют собой основные направления деятельности государства непосредственно связанные с решением стоящих перед ним на международной арене целей и задач. Они зависят от характера существующего в стране политического режима и типов государств от этапов развития одного и того же государства от складывающейся в мире международной обстановки от характера взаимоотношений сосуществующих друг с другом государств.
32322. Функции государства. Их понятие, соотношение с целями и задачами, виды функций 51.5 KB
  Функции государства. Функции государства это основные направления деятельности государства по решению стоящих перед ним целей и задач. Именно в функциях проявляется сущность конкретного государства его природа и социальное назначение. Как основные направления деятельности государства они не должны отождествляться с самой деятельностью или отдельными элементами этой деятельности.
32323. Экономические и социальные функции государства. Их изменение и особенности в государствах различных типов 46.5 KB
  Экономические и социальные функции государства. Их изменение и особенности в государствах различных типов. В данной функции наиболее полно проявляется современная роль государства в области хозяйствования. Вместе с тем возникла необходимость поиска оптимальных способов участия государства в экономических процессах а также налаживания эффективного государственного регулирования совместимого с рыночными механизмами.
32324. Функции государства в сфере науки, образования культуры. Их изменение и особенности в государствах различных типов 49 KB
  Функции государства в сфере науки образования культуры. Их изменение и особенности в государствах различных типов. Функция развития культуры науки и образования сложилась вместо ранее осуществлявшейся культурновоспитательной функции со свойственным ей доминированием монопольной государственной идеологии. 13 идеологического многообразия согласно которому никакая идеология не может устанавливаться в качестве государственной или обязательной.
32325. Организационные и правовые формы осуществления функций государства. Их понятие и характеристика 34 KB
  Организационные и правовые формы осуществления функций государства. Формы осуществления функций государства это однородная деятельность органов государства посредством которой реализуются его функции. В настоящее время принято деление форм осуществления функций государства на правовые и организационные неправовые. Такая классификация помогает понять как механизм государства осуществляет его функции каким образом государство использует для выполнения своих задач и функций право.
32326. Механизм государства: понятие структура и ее эволюция в государствах различных типов. Основные принципы деятельности в современных государствах 54 KB
  Механизм государства: понятие структура и ее эволюция в государствах различных типов. Основные принципы деятельности в современных государствах. Граждане могут принимать то или иное участие в делах государства но в конечном итоге государственные органы должностные лица несут персональную ответственность за эффективность своей работы В. Подобная система государственных органов профессиональных коллективов и называется механизмом государства.
32327. Органы государства: понятие, признаки и виды органов государства 37 KB
  Органы государства: понятие признаки и виды органов государства Анализ государства с позиций его механизма позволяет выявить место и роль каждого элемента в системе государственного властвования определить его оптимальную структуру иерархические связи с иными элементами и т. Признаки органа государства: 1 представляет собой самостоятельный элемент механизма государства выступая неотъемлемой частью единого государственного организма; 2 действует от имени государства и по его поручению; 3 образован и функционирует на основе...